diff --git a/Analysis/distribution_function.py b/Analysis/distribution_function.py index d7278b4f6f3af67b69157a4b51d3c1816ccde645..9cbbcc093c16a393a314540c7335ab4c3bd69ae1 100755 --- a/Analysis/distribution_function.py +++ b/Analysis/distribution_function.py @@ -123,5 +123,4 @@ def plot_all(dict_list, label = None): if __name__ == "__main__": d = read() plot_all([d]) - plt.show() diff --git a/Analysis/filter.py b/Analysis/filter.py index 554f8f5e258eb5a51a8a70d98cddbc2c517e598a..9aaca2b0a61be318037f3820f1e7f6cb0ea19e53 100755 --- a/Analysis/filter.py +++ b/Analysis/filter.py @@ -1,7 +1,7 @@ #!/usr/bin/env python3 """Note: the creation of ishape_last.txt assumes no missing date in -the output.""" +the filtered output.""" import shapefile import argparse diff --git a/Analysis/plot_traj.py b/Analysis/plot_traj.py index 807cf53bd13d32701098ea3fdd3e806c054ccbf0..ec1e9346090a6a472ce54a35fa532d67006bb7d4 100755 --- a/Analysis/plot_traj.py +++ b/Analysis/plot_traj.py @@ -1,5 +1,10 @@ #!/usr/bin/env python3 +"""Must be run from directory containing edgelist.csv, ishape_last.txt +and SHP-triplet directory for interpolated eddies. + +""" + def compute_ishape(n, k1, ishape_last): """n: node, tuple (date_index, eddy_index). k1: first date in triplet of shapefiles. @@ -33,6 +38,10 @@ if __name__ == "__main__": import matplotlib.pyplot as plt import networkx as nx + if len(sys.argv) != 2: + sys.exit("Required argument: directory containing triplet of " + "shapefiles, result of extracting the eddies at all dates") + shp_tr_dir = sys.argv[1] G = report_graph.read_eddy_graph() ishape_last = np.loadtxt(path.join(shp_tr_dir, "ishape_last.txt"), @@ -63,7 +72,7 @@ if __name__ == "__main__": nx.draw_networkx(G, pos, edgelist = G.edges(component), nodelist = component, edge_color=color, node_size=10, node_color=color, with_labels=False) - H= G.subgraph(component) + H = G.subgraph(component) t = nx.topological_sort(H) ancestor = next(t) plt.annotate(str(ancestor), pos[ancestor], color = color, diff --git a/Documentation_texfol/documentation.tex b/Documentation_texfol/documentation.tex index 33714fcefb92b12cd228392bc38a162d625e5a65..a6e61c5486714dc68f812b116be8dc77386439b2 100644 --- a/Documentation_texfol/documentation.tex +++ b/Documentation_texfol/documentation.tex @@ -1254,8 +1254,8 @@ Le processus $m$ envoie au processus $m - 1$. Cf. figure \includegraphics[width=\textwidth]{processes} \caption[Raccordement des processus]{Raccordement des processus. Les comparaisons représentées ici en couleurs sont faites par le - processus m. En rouge dans la boucle principale, en bleu, vert et - marron dans l'épilogue.} + processus $m$. En rouge dans la boucle principale, en bleu, vert + et marron dans l'épilogue.} \label{fig:processes} \end{figure} Il faut, pour $m < n_p - 1$ : @@ -1391,10 +1391,11 @@ Exemples : cf. tableaux (\ref{tab:m2}) et (\ref{tab:m3}) et figures 1 & 6 & 10 & 10 \end{tabular} \caption[$\max \delta = 4$, n\_dates = 10, $n_p = - 2$]{$\max \delta = 4$, n\_dates = 10, $n_p = 2$, $k_1 = 1$. $m = 0$ : lecture - dates 1 à 5, écriture date 1, réception date 6, écriture dates 2 à - 4, réception dates 7 à 9, écriture dates 5 à 9. $m = 1$ : lecture - 6 à 10, envoi 6 à 9, écriture 10.} + 2$]{$\max \delta = 4$, n\_dates = 10, $n_p = 2$, $k_1 = 1$. $m$ est + le numéro du processus MPI. $m = 0$ : lecture dates 1 à 5, + écriture date 1, réception date 6, écriture dates 2 à 4, réception + dates 7 à 9, écriture dates 5 à 9. $m = 1$ : lecture 6 à 10, envoi + 6 à 9, écriture 10.} \label{tab:m2} \end{table} \begin{table}[htbp]