From 4d80f25c5b21308865c3e0fd0dd06f9cdfb469f6 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Lionel GUEZ <guez@lmd.ens.fr>
Date: Wed, 9 Sep 2020 18:36:45 +0200
Subject: [PATCH] Polish
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Analysis/distribution_function.py | 1 -
Analysis/filter.py | 2 +-
Analysis/plot_traj.py | 11 ++++++++++-
Documentation_texfol/documentation.tex | 13 +++++++------
4 files changed, 18 insertions(+), 9 deletions(-)
diff --git a/Analysis/distribution_function.py b/Analysis/distribution_function.py
index d7278b4f..9cbbcc09 100755
--- a/Analysis/distribution_function.py
+++ b/Analysis/distribution_function.py
@@ -123,5 +123,4 @@ def plot_all(dict_list, label = None):
if __name__ == "__main__":
d = read()
plot_all([d])
-
plt.show()
diff --git a/Analysis/filter.py b/Analysis/filter.py
index 554f8f5e..9aaca2b0 100755
--- a/Analysis/filter.py
+++ b/Analysis/filter.py
@@ -1,7 +1,7 @@
#!/usr/bin/env python3
"""Note: the creation of ishape_last.txt assumes no missing date in
-the output."""
+the filtered output."""
import shapefile
import argparse
diff --git a/Analysis/plot_traj.py b/Analysis/plot_traj.py
index 807cf53b..ec1e9346 100755
--- a/Analysis/plot_traj.py
+++ b/Analysis/plot_traj.py
@@ -1,5 +1,10 @@
#!/usr/bin/env python3
+"""Must be run from directory containing edgelist.csv, ishape_last.txt
+and SHP-triplet directory for interpolated eddies.
+
+"""
+
def compute_ishape(n, k1, ishape_last):
"""n: node, tuple (date_index, eddy_index). k1: first date in triplet
of shapefiles.
@@ -33,6 +38,10 @@ if __name__ == "__main__":
import matplotlib.pyplot as plt
import networkx as nx
+ if len(sys.argv) != 2:
+ sys.exit("Required argument: directory containing triplet of "
+ "shapefiles, result of extracting the eddies at all dates")
+
shp_tr_dir = sys.argv[1]
G = report_graph.read_eddy_graph()
ishape_last = np.loadtxt(path.join(shp_tr_dir, "ishape_last.txt"),
@@ -63,7 +72,7 @@ if __name__ == "__main__":
nx.draw_networkx(G, pos, edgelist = G.edges(component),
nodelist = component, edge_color=color, node_size=10,
node_color=color, with_labels=False)
- H= G.subgraph(component)
+ H = G.subgraph(component)
t = nx.topological_sort(H)
ancestor = next(t)
plt.annotate(str(ancestor), pos[ancestor], color = color,
diff --git a/Documentation_texfol/documentation.tex b/Documentation_texfol/documentation.tex
index 33714fce..a6e61c54 100644
--- a/Documentation_texfol/documentation.tex
+++ b/Documentation_texfol/documentation.tex
@@ -1254,8 +1254,8 @@ Le processus $m$ envoie au processus $m - 1$. Cf. figure
\includegraphics[width=\textwidth]{processes}
\caption[Raccordement des processus]{Raccordement des processus. Les
comparaisons représentées ici en couleurs sont faites par le
- processus m. En rouge dans la boucle principale, en bleu, vert et
- marron dans l'épilogue.}
+ processus $m$. En rouge dans la boucle principale, en bleu, vert
+ et marron dans l'épilogue.}
\label{fig:processes}
\end{figure}
Il faut, pour $m < n_p - 1$ :
@@ -1391,10 +1391,11 @@ Exemples : cf. tableaux (\ref{tab:m2}) et (\ref{tab:m3}) et figures
1 & 6 & 10 & 10
\end{tabular}
\caption[$\max \delta = 4$, n\_dates = 10, $n_p =
- 2$]{$\max \delta = 4$, n\_dates = 10, $n_p = 2$, $k_1 = 1$. $m = 0$ : lecture
- dates 1 à 5, écriture date 1, réception date 6, écriture dates 2 à
- 4, réception dates 7 à 9, écriture dates 5 à 9. $m = 1$ : lecture
- 6 à 10, envoi 6 à 9, écriture 10.}
+ 2$]{$\max \delta = 4$, n\_dates = 10, $n_p = 2$, $k_1 = 1$. $m$ est
+ le numéro du processus MPI. $m = 0$ : lecture dates 1 à 5,
+ écriture date 1, réception date 6, écriture dates 2 à 4, réception
+ dates 7 à 9, écriture dates 5 à 9. $m = 1$ : lecture 6 à 10, envoi
+ 6 à 9, écriture 10.}
\label{tab:m2}
\end{table}
\begin{table}[htbp]
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