From 8f9cbcf7fc6d134e1c9628ea73e3b9c0908457cc Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Lionel GUEZ <guez@lmd.ens.fr>
Date: Tue, 12 Oct 2021 19:36:20 +0200
Subject: [PATCH] Polish
---
.../Documentation_texfol/documentation.tex | 29 +++++++++++++++----
Convert_Matlab/get_id_child.m | 6 ++--
2 files changed, 27 insertions(+), 8 deletions(-)
diff --git a/Convert_Matlab/Documentation_texfol/documentation.tex b/Convert_Matlab/Documentation_texfol/documentation.tex
index 1aa44186..6f0e814d 100644
--- a/Convert_Matlab/Documentation_texfol/documentation.tex
+++ b/Convert_Matlab/Documentation_texfol/documentation.tex
@@ -11,6 +11,8 @@
\usepackage{graphicx}
\usepackage[super]{nth}
+\usepackage[np,autolanguage]{numprint}
+
\usepackage{hyperref}
\hypersetup{pdftitle={Documentation convert Matlab}, pdfauthor={Lionel
@@ -224,13 +226,25 @@ départ.
\section{Overlapping}
-Pour utiliser les scripts \verb+get_N_eddies.m+ et \verb+id_child.m+,
-placer les scripts eux-mêmes et tous les fichiers d'entrée nécessaires
-dans le répertoire courant, où je dois avoir l'autorisation
-d'écriture. Créer éventuellement des liens symboliques. Puis :
+Pour convertir les données Matlab, les scripts Matlab de conversion et
+les fichiers d'entrée doivent être dans le répertoire courant, où je
+dois avoir l'autorisation d'écriture. Créer donc des liens symboliques.
\begin{verbatim}
+ln -s .../Detection_eddies/Convert_Matlab/get_N_eddies.m
+ln -s .../Parameters_Anticyclonic_Eddies.mat
+ln -s .../Parameters_Cyclonic_Eddies.mat
matlab -batch get_N_eddies
-matlab -batch id_child
+\end{verbatim}
+Puis le traitement est indépendant pour chaque orientation. Par
+exemple pour les anticyclones :
+\begin{verbatim}
+ln -s .../Trajectories/Association_eddies_Anti_max.mat \
+ Association_eddies_max.mat
+ln -s .../Detection_eddies/Convert_Matlab/get_id_child.m
+matlab -batch get_id_child
+ln -s Nanti.mat N_eddies.mat
+.../Detection_eddies/Convert_Matlab/overlap_v6.py
+mv edgelist.csv edgelist_anti.csv
\end{verbatim}
The data on overlapping instantaneous eddies is in the file
@@ -258,6 +272,11 @@ Sur le domaine \verb+PhD_Lax+, le script \verb+overlap_HDF5.py+ prend
conversion au format v6 (total pour les fichiers nécessaires aux deux
graphes).
+Sur le domaine global, toutes les dates, pour chaque
+orientation. \verb+get_id_child.m+ prend environ 1 h et a besoin de 12
+GiB de mémoire virtuelle. \verb+overlap_v6.py+
+prend 7 mn et produit \np{0.5} GiB, pour \np{2.8e7} arêtes.
+
\section{Survival}
The last part of the Matlab program has the task of recognizing
diff --git a/Convert_Matlab/get_id_child.m b/Convert_Matlab/get_id_child.m
index 1c18728e..2761476f 100644
--- a/Convert_Matlab/get_id_child.m
+++ b/Convert_Matlab/get_id_child.m
@@ -10,9 +10,9 @@ load('Association_eddies_max.mat', 'id_child')
toc
disp('Saving id_child...')
n_dates = size(id_child, 2)
-n_files = 10
-chunck = ceil(n_dates / n_files)
-last_date = 0
+n_files = 10;
+chunck = ceil(n_dates / n_files);
+last_date = 0;
tic
for i = 0:n_files - 2
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