From c4e2da23d25fb2bfef48efbd9d358ca3aaa84c34 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Lionel GUEZ <guez@lmd.ens.fr>
Date: Wed, 30 Oct 2019 17:04:21 +0100
Subject: [PATCH] Read `SHP_triplet` arguments in `filter.py`
Read `SHP_triplet` directories as arguments in script `filter.py`.
Move directory `Tests/Input/Extraction_eddies_region_5` to
`Tests/Input/Region_5_2006_01_01`.
---
Analysis/filter.py | 29 +++-
Documentation_texfol/.gitignore | 4 +-
Documentation_texfol/documentation.tex | 154 +++++++++++++-----
.../SHP_triplet/extremum.dbf | Bin
.../SHP_triplet/extremum.shp | Bin
.../SHP_triplet/extremum.shx | Bin
.../SHP_triplet/max_speed_contour.dbf | Bin
.../SHP_triplet/max_speed_contour.shp | Bin
.../SHP_triplet/max_speed_contour.shx | Bin
.../SHP_triplet/outermost_contour.dbf | Bin
.../SHP_triplet/outermost_contour.shp | Bin
.../SHP_triplet/outermost_contour.shx | Bin
.../{ => Region_5_2006_01_01}/h_region_5.nc | Bin
.../mkdir_run_stdout.txt | 0
.../test.json | 0
.../{ => Region_5_2006_01_01}/uv_region_5.nc | Bin
Tests/long_tests.json | 9 +-
Tests/short_tests.json | 11 +-
18 files changed, 146 insertions(+), 61 deletions(-)
rename Tests/Input/{Extraction_eddies_region_5 => Region_5_2006_01_01}/SHP_triplet/extremum.dbf (100%)
rename Tests/Input/{Extraction_eddies_region_5 => Region_5_2006_01_01}/SHP_triplet/extremum.shp (100%)
rename Tests/Input/{Extraction_eddies_region_5 => Region_5_2006_01_01}/SHP_triplet/extremum.shx (100%)
rename Tests/Input/{Extraction_eddies_region_5 => Region_5_2006_01_01}/SHP_triplet/max_speed_contour.dbf (100%)
rename Tests/Input/{Extraction_eddies_region_5 => Region_5_2006_01_01}/SHP_triplet/max_speed_contour.shp (100%)
rename Tests/Input/{Extraction_eddies_region_5 => Region_5_2006_01_01}/SHP_triplet/max_speed_contour.shx (100%)
rename Tests/Input/{Extraction_eddies_region_5 => Region_5_2006_01_01}/SHP_triplet/outermost_contour.dbf (100%)
rename Tests/Input/{Extraction_eddies_region_5 => Region_5_2006_01_01}/SHP_triplet/outermost_contour.shp (100%)
rename Tests/Input/{Extraction_eddies_region_5 => Region_5_2006_01_01}/SHP_triplet/outermost_contour.shx (100%)
rename Tests/Input/{ => Region_5_2006_01_01}/h_region_5.nc (100%)
rename Tests/Input/{Extraction_eddies_region_5 => Region_5_2006_01_01}/mkdir_run_stdout.txt (100%)
rename Tests/Input/{Extraction_eddies_region_5 => Region_5_2006_01_01}/test.json (100%)
rename Tests/Input/{ => Region_5_2006_01_01}/uv_region_5.nc (100%)
diff --git a/Analysis/filter.py b/Analysis/filter.py
index 0178d26b..903f58e3 100755
--- a/Analysis/filter.py
+++ b/Analysis/filter.py
@@ -1,21 +1,34 @@
#!/usr/bin/env python3
import shapefile
+import argparse
+from os import path
-with shapefile.Reader("extremum") as extremum, \
- shapefile.Reader("outermost_contour") as outermost_cont, \
- shapefile.Reader("max_speed_contour") as max_speed_cont, \
- shapefile.Writer("extremum_filtered") as extremum_filt, \
- shapefile.Writer("outermost_contour_filtered") as outermost_cont_filt, \
- shapefile.Writer("max_speed_contour_filtered") as max_speed_cont_filt:
+parser = argparse.ArgumentParser()
+parser.add_argument("input_dir", help = "containing the three input shapefiles")
+parser.add_argument("output_dir",
+ help = "containing the three filtered shapefiles")
+args = parser.parse_args()
+
+with shapefile.Reader(path.join(args.input_dir, "extremum")) as extremum, \
+ shapefile.Reader(path.join(args.input_dir, "outermost_contour")) \
+ as outermost_cont, \
+ shapefile.Reader(path.join(args.input_dir, "max_speed_contour")) \
+ as max_speed_cont, \
+ shapefile.Writer(path.join(args.output_dir, "extremum")) \
+ as extremum_filt, \
+ shapefile.Writer(path.join(args.output_dir, "outermost_contour")) \
+ as outermost_cont_filt, \
+ shapefile.Writer(path.join(args.output_dir, "max_speed_contour")) \
+ as max_speed_cont_filt:
extremum_filt.fields = extremum.fields[1:]
outermost_cont_filt.fields = outermost_cont.fields[1:]
max_speed_cont_filt.fields = max_speed_cont.fields[1:]
for shape_rec_extr, shape_rec_outer, shape_rec_max \
in zip(extremum, outermost_cont, max_speed_cont):
- if shape_rec_extr.record.speed == 1e4 \
- and shape_rec_outer.record.radius4 >= 2:
+ if 6 <= shape_rec_extr.shape.points[0][0] <= 12 \
+ and - 33 <= shape_rec_extr.shape.points[0][1] <= - 27:
extremum_filt.record(*shape_rec_extr.record)
extremum_filt.shape(shape_rec_extr.shape)
diff --git a/Documentation_texfol/.gitignore b/Documentation_texfol/.gitignore
index 7604ca46..db719652 100644
--- a/Documentation_texfol/.gitignore
+++ b/Documentation_texfol/.gitignore
@@ -4,4 +4,6 @@
/*.pdf
/*.synctex*
/*.toc
-/auto/
\ No newline at end of file
+/*.lof
+/*.lot
+/auto/
diff --git a/Documentation_texfol/documentation.tex b/Documentation_texfol/documentation.tex
index 4a7f8a78..e3eb4033 100644
--- a/Documentation_texfol/documentation.tex
+++ b/Documentation_texfol/documentation.tex
@@ -48,6 +48,8 @@
\maketitle
\tableofcontents
+\listoffigures
+\listoftables
\section{Extraction des tourbillons instantanés}
@@ -114,7 +116,8 @@ tableau (\ref{tab:null_ssh_contour}).
$\ne$ null & T & $\ge 2$ & $\ne \np{e4}$, $\ne$ NaN & 21 \%
& 3
\end{tabular}
- \caption{Cas où la composante speed\_cont d'un tourbillon est
+ \caption[Cas où la composante speed\_cont d'un tourbillon est
+ vide]{Cas où la composante speed\_cont d'un tourbillon est
vide. Colonne fraction : pour la région 5, nombre de cas sur 260
extremums au total. Note 1 : pas de bon contour Ã
innermost\_level. Note 2 : out\_cont est près d'une côte, champ de
@@ -481,8 +484,8 @@ Cf. figure (\ref{fig:copy}).
\begin{figure}[htbp]
\centering
\includegraphics[width=\textwidth]{copy}
- \caption{Extension d'un champ en longitude, dans le cas d'une grille
- périodique.}
+ \caption[Extension d'un champ en longitude]{Extension d'un champ en
+ longitude, dans le cas d'une grille périodique.}
\label{fig:copy}
\end{figure}
@@ -635,13 +638,13 @@ Cf. figure (\ref{fig:periodicity}).
\begin{figure}[htbp]
\centering
\includegraphics{periodicity}
- \caption{Cas de périodicité dans local\_extrema. Le tableau
- représenté est extr\_map. Pour définir la case (2, j), il faut
- avoir copié la case (m - 1, j - 1) (qui peut être non nulle). Pour
- définir la case (m - 1, j), il faut avoir copié la case (2, j)
- (qui peut être non nulle). (La case (2, j - 1) doit aussi avoir
- été copiée mais cela a été fait au passage sur la colonne
- précédente.)}
+ \caption[Cas de périodicité dans local\_extrema]{Cas de périodicité
+ dans local\_extrema. Le tableau représenté est extr\_map. Pour
+ définir la case (2, j), il faut avoir copié la case (m - 1, j - 1)
+ (qui peut être non nulle). Pour définir la case (m - 1, j), il
+ faut avoir copié la case (2, j) (qui peut être non nulle). (La
+ case (2, j - 1) doit aussi avoir été copiée mais cela a été fait
+ au passage sur la colonne précédente.)}
\label{fig:periodicity}
\end{figure}
Cas de périodicité : field(i + m - 2, :) = field(i, :).
@@ -691,9 +694,10 @@ Cf. figure (\ref{fig:set_all_outerm}).
\begin{figure}[htbp]
\centering
\includegraphics{set_all_outerm}
- \caption{Contrainte sur les longitudes dans set\_all\_outerm. Les
- valeurs en vert sont dans l'espace des indices, les valeurs en
- noir dans l'espace des longitudes.}
+ \caption[Contrainte sur les longitudes dans
+ set\_all\_outerm]{Contrainte sur les longitudes dans
+ set\_all\_outerm. Les valeurs en vert sont dans l'espace des
+ indices, les valeurs en noir dans l'espace des longitudes.}
\label{fig:set_all_outerm}
\end{figure}
Pour que la contrainte de domaine de longitudes dans \verb+get_1_outerm+
@@ -841,8 +845,9 @@ minimums et 3 maximums dans ce cadre. Cf. figure (\ref{fig:extrema}).
\begin{figure}[htbp]
\centering
\includegraphics[width=\textwidth]{extrema}
- \caption{Région 1, lignes de niveau de SSH (sans signification
- particulière). Maximums : points rouges, minimums : points bleus.}
+ \caption[Région 1]{Région 1, lignes de niveau de SSH (sans
+ signification particulière). Maximums : points rouges, minimums :
+ points bleus.}
\label{fig:extrema}
\end{figure}
Minimum cible pour le test \verb+Get_1_outerm+ en :
@@ -857,16 +862,18 @@ m. Cf. figures (\ref{fig:test_get_eddy}) et (\ref{fig:test_get_snapshot}).
\begin{figure}[htbp]
\centering
\includegraphics[width=\textwidth]{test_get_eddy}
- \caption{Test Set\_max\_speed. Projection stéréographique centrée
- sur un minimum de SSH. Champ de vitesse, contour de SSH le plus
- extérieur en bleu, contour de SSH de vitesse maximale en vert. Le
- minimum de SSH est marqué par un point.}
+ \caption[Test Set\_max\_speed]{Test Set\_max\_speed. Projection
+ stéréographique centrée sur un minimum de SSH. Champ de vitesse,
+ contour de SSH le plus extérieur en bleu, contour de SSH de
+ vitesse maximale en vert. Le minimum de SSH est marqué par un
+ point.}
\label{fig:test_get_eddy}
\end{figure}
\begin{figure}[htbp]
\centering
\includegraphics[width=\textwidth]{test_get_snapshot}
- \caption{Test Extraction\_eddies\_region\_1. Région 1, sans minimum
+ \caption[Test Extraction\_eddies\_region\_1]{Test
+ Extraction\_eddies\_region\_1. Région 1, sans minimum
d'amplitude. Contours extérieurs et contours de vitesse
maximale. En rouge les anticyclones, en bleu les cyclones. Croix :
contour extérieur sans contour de maximum de vitesse
@@ -891,9 +898,10 @@ de vitesse max diffèrent de 2 cm environ. Cf. figure
\centering
\includegraphics[width=\textwidth]{comparaison_201}
\includegraphics[width=\textwidth]{comparaison_202}
- \caption{Comparaison avec le programme Matlab. Pour chacun des deux
- tourbillons, le contour sans marqueur est à la valeur de SSH
- donnée par le programme Matlab.}
+ \caption[Comparaison avec le programme Matlab]{Comparaison avec le
+ programme Matlab. Pour chacun des deux tourbillons, le contour
+ sans marqueur est à la valeur de SSH donnée par le programme
+ Matlab.}
\label{fig:comparaison_Matlab}
\end{figure}
J'obtiens comme vitesse maximale : $\np[m s^{-1}]{0.29}$ au lieu de
@@ -928,8 +936,9 @@ Test de
\begin{figure}[htbp]
\centering
\includegraphics[width=\textwidth]{test_max_speed_contour_ssh}
- \caption{SSH pour le test de max\_speed\_contour\_ssh. Données du 29
- novembre 2015. La région est à l'embouchure de l'Amazone.}
+ \caption[SSH pour le test de max\_speed\_contour\_ssh]{SSH pour le
+ test de max\_speed\_contour\_ssh. Données du 29 novembre 2015. La
+ région est à l'embouchure de l'Amazone.}
\label{fig:test_max_speed_contour_ssh}
\end{figure}
Bizarrement, la vitesse n'est pas définie à certains points alors
@@ -983,12 +992,13 @@ overlap.
\begin{figure}[htbp]
\centering
\includegraphics{overlap}
- \caption{Un morceau d'un graphe de recouvrement. Un tourbillon peut
- avoir des prédécesseurs et des successeurs à différentes distances
- temporelles. Dans cet exemple, $i_1$ ne peut pas avoir de
- successeur à distance strictement inférieure à $\delta$. $i_2$ ne
- peut pas être le successeur de $i'_1$ : le recouvrement de $i_2$
- et $i'_1$ n'est pas examiné dans la procédure overlap.}
+ \caption[Un morceau d'un graphe de recouvrement]{Un morceau d'un
+ graphe de recouvrement. Un tourbillon peut avoir des prédécesseurs
+ et des successeurs à différentes distances temporelles. Dans cet
+ exemple, $i_1$ ne peut pas avoir de successeur à distance
+ strictement inférieure à $\delta$. $i_2$ ne peut pas être le
+ successeur de $i'_1$ : le recouvrement de $i_2$ et $i'_1$ n'est
+ pas examiné dans la procédure overlap.}
\label{fig:overlap}
\end{figure}
@@ -1031,7 +1041,22 @@ Ces procédures sont appelées par :
\end{itemize}
Cf. discussion autour de l'équation~(\ref{eq:length_pi}).
-Compilation et exécution testées avec NAG Fortran Compiler Release 6.2.
+Compilation et exécution testées avec NAG Fortran Compiler Release
+6.2.
+
+Idée d'admettre dans le programme de recouvrement des tourbillons dont
+les numéros à une date donnée n'iraient pas forcément de 1 au nombre
+de tourbillons visible. L'intérêt serait de pouvoir traiter des
+domaines extraits d'un snapshot global. il faudrait ajouter une
+composante identifiant au type eddy, remplacer la composante
+\verb+number_eddies+ du type snapshot par une composante
+\verb+number_interp_eddies+ et passer :
+\begin{verbatim}
+- flow(j - delta + 1:j - 1)%number_interp_eddies
+\end{verbatim}
+au lieu de \verb|flow(j - delta + 1:j - 1)%number_eddies| Ã
+\verb+write_overlap+ pour que les
+numéros de tourbillons interpolés soient négatifs.
\subsection{Entrées et sorties}
@@ -1051,7 +1076,7 @@ d'entiers \verb+date_index+ et \verb+eddy_index+.
Un processus donné alterne lecture de shapefiles (créés par
extraction\_eddies) et écriture de shapefiles (contenant les
tourbillons interpolés). Un processus donné doit donc manipuler deux
-jeux de pointeurs de shapefiles. On peut éventuellement upposer que
+jeux de pointeurs de shapefiles. On peut éventuellement supposer que
les numéros de champs sont les mêmes pour les deux jeux de shapefiles.
La méta-donnée logique \og interpolé \fg{} dans
@@ -1192,13 +1217,16 @@ date. Cf. figure (\ref{fig:window}) et algorithme
\subsection{Décomposition de domaine}
+\subsubsection{Divers}
+
Cf. figure (\ref{fig:processes}).
\begin{figure}[htbp]
\centering
\includegraphics[width=\textwidth]{processes}
- \caption{Raccordement des processus. Les comparaisons représentées
- ici en couleurs sont faites par le processus m. En rouge dans la
- boucle principale, en bleu, vert et marron dans l'épilogue.}
+ \caption[Raccordement des processus]{Raccordement des processus. Les
+ comparaisons représentées ici en couleurs sont faites par le
+ processus m. En rouge dans la boucle principale, en bleu, vert et
+ marron dans l'épilogue.}
\label{fig:processes}
\end{figure}
Il faut, pour $m < n_p$ :
@@ -1337,10 +1365,11 @@ Exemples : cf. tableaux (\ref{tab:m2}) et (\ref{tab:m3}) et figure
1 & 1 & 9 & 6 \\
2 & 6 & 10 & 10
\end{tabular}
- \caption{$\max \delta = 4$, n\_dates = 10, $n_p = 2$. $m = 1$ :
- lecture dates 1 à 5, écriture date 1, réception date 6, écriture
- dates 2 à 4, réception dates 7 à 9, écriture dates 5 à 9. $m = 2$
- : lecture 6 à 10, envoi 6 à 9, écriture 10.}
+ \caption[$\max \delta = 4$, n\_dates = 10, $n_p =
+ 2$]{$\max \delta = 4$, n\_dates = 10, $n_p = 2$. $m = 1$ : lecture
+ dates 1 à 5, écriture date 1, réception date 6, écriture dates 2 Ã
+ 4, réception dates 7 à 9, écriture dates 5 à 9. $m = 2$ : lecture
+ 6 à 10, envoi 6 à 9, écriture 10.}
\label{tab:m2}
\end{table}
\begin{table}[htbp]
@@ -1358,8 +1387,9 @@ Exemples : cf. tableaux (\ref{tab:m2}) et (\ref{tab:m3}) et figure
\begin{figure}[htbp]
\centering
\includegraphics[width=\textwidth]{m3}
- \caption{$\max \delta = 4$, n\_dates = 15, $n_p = 3$. Les numéros
- sont les indices de date. En bleu le prologue, en noir la boucle
+ \caption[$\max \delta = 4$, n\_dates = 15, $n_p =
+ 3$]{$\max \delta = 4$, n\_dates = 15, $n_p = 3$. Les numéros sont
+ les indices de date. En bleu le prologue, en noir la boucle
principale, en rouge l'épilogue. Pour un processus donné, les
actions sur une même colonne sont dans une même boucle de
l'algorithme principal.}
@@ -1470,11 +1500,13 @@ successeurs d'une date donnée sont cherchés dans l'ordre croissant des
$\delta$.
\subsubsection{Prédécesseurs d'une date donnée}
+\label{sec:predecessor}
Pour un processus quelconque, au moment d'un appel à overlap :
-\begin{equation*}
+\begin{equation}
+ \label{eq:predecessor}
k_b + 1 \le k \le k_e
-\end{equation*}
+\end{equation}
Soient deux appels à overlap, avec une même valeur de $k$ : avec
$(k, \delta_1)$ dans un processus $m_1$ et $(k, \delta_2)$ dans un
@@ -1515,6 +1547,40 @@ $(k, \delta_1, m_1)$ est terminé avant l'appel $(k, \delta_2,
m_2)$. Les prédécesseurs d'une date donnée sont cherchés dans l'ordre
croissant des $\delta$.
+\subsubsection{Nombre de tourbillons interpolés}
+
+L'attribution d'un numéro de tourbillon interpolé, et donc
+l'incrémentation du nombre de tourbillons interpolés, à chaque date,
+sont faits par la procédure overlap. Montrons que : deux processus ne
+peuvent pas attribuer le même numéro de tourbillon interpolé à une
+date donnée ; une incrémentation à une date donnée par un processus ne
+peut pas s'intercaler entre deux incrémentations à la même date par un
+autre processus.
+
+Considérons deux appels de overlap : $(m_1, k_1, \delta_1)$ et
+$(m_2, k_2, \delta_2)$, avec $m_1 \ne m_2$. Supposons qu'il existe un
+indice de date $k$ appartenant Ã
+$\{k_1 - \delta_1 + 1, \dots, k_1 - 1\} \cap \{k_2 - \delta_2 + 1,
+\dots, k_2 - 1\}$. Avec les équations (\ref{eq:pred_main_loop}) et
+(\ref{eq:predecessor}), $k$ est dans l'intersection des domaines de
+$m_1$ et $m_2$. Donc $|m_2 - m_1| = 1$ et on peut supposer sans perte
+de généralité que $m_1 = m_2 + 1$.
+
+\begin{multline*}
+ k_2 \ge k + 1 \ge k_1 - \delta_1 + 2 \ge k_b(m_1) + 2
+ = k_b(m_2 + 1) + 2 \\
+ = k_e(m_2) - \max \delta + 3
+ = \mathtt{k\_end\_main\_loop}(m_2) + 2
+\end{multline*}
+Donc l'appel $(m_2, k_2, \delta_2)$ est dans l'épilogue. L'overlap
+$(m_2, k_2, \delta_2)$ suit forcément un \verb+get_snapshot(k2)+. Le
+\verb+get_snapshot(k2)+ est une réception bloquante. Il suit forcément
+un send de $k_2$ du processus $m_1$. Dans un processus quelconque,
+après un \verb+dispatch_snapshot+ d'une date quelconque, plus aucun
+overlap ne recouvre cette date. Donc l'overlap$(m_1, k_1, \delta_1)$
+est forcément fini avant le début de l'overlap $(m_2, k_2,
+\delta_2)$. $\Box$
+
\subsection{Algorithme principal, parallèle}
\begin{algorithmic}
diff --git a/Tests/Input/Extraction_eddies_region_5/SHP_triplet/extremum.dbf b/Tests/Input/Region_5_2006_01_01/SHP_triplet/extremum.dbf
similarity index 100%
rename from Tests/Input/Extraction_eddies_region_5/SHP_triplet/extremum.dbf
rename to Tests/Input/Region_5_2006_01_01/SHP_triplet/extremum.dbf
diff --git a/Tests/Input/Extraction_eddies_region_5/SHP_triplet/extremum.shp b/Tests/Input/Region_5_2006_01_01/SHP_triplet/extremum.shp
similarity index 100%
rename from Tests/Input/Extraction_eddies_region_5/SHP_triplet/extremum.shp
rename to Tests/Input/Region_5_2006_01_01/SHP_triplet/extremum.shp
diff --git a/Tests/Input/Extraction_eddies_region_5/SHP_triplet/extremum.shx b/Tests/Input/Region_5_2006_01_01/SHP_triplet/extremum.shx
similarity index 100%
rename from Tests/Input/Extraction_eddies_region_5/SHP_triplet/extremum.shx
rename to Tests/Input/Region_5_2006_01_01/SHP_triplet/extremum.shx
diff --git a/Tests/Input/Extraction_eddies_region_5/SHP_triplet/max_speed_contour.dbf b/Tests/Input/Region_5_2006_01_01/SHP_triplet/max_speed_contour.dbf
similarity index 100%
rename from Tests/Input/Extraction_eddies_region_5/SHP_triplet/max_speed_contour.dbf
rename to Tests/Input/Region_5_2006_01_01/SHP_triplet/max_speed_contour.dbf
diff --git a/Tests/Input/Extraction_eddies_region_5/SHP_triplet/max_speed_contour.shp b/Tests/Input/Region_5_2006_01_01/SHP_triplet/max_speed_contour.shp
similarity index 100%
rename from Tests/Input/Extraction_eddies_region_5/SHP_triplet/max_speed_contour.shp
rename to Tests/Input/Region_5_2006_01_01/SHP_triplet/max_speed_contour.shp
diff --git a/Tests/Input/Extraction_eddies_region_5/SHP_triplet/max_speed_contour.shx b/Tests/Input/Region_5_2006_01_01/SHP_triplet/max_speed_contour.shx
similarity index 100%
rename from Tests/Input/Extraction_eddies_region_5/SHP_triplet/max_speed_contour.shx
rename to Tests/Input/Region_5_2006_01_01/SHP_triplet/max_speed_contour.shx
diff --git a/Tests/Input/Extraction_eddies_region_5/SHP_triplet/outermost_contour.dbf b/Tests/Input/Region_5_2006_01_01/SHP_triplet/outermost_contour.dbf
similarity index 100%
rename from Tests/Input/Extraction_eddies_region_5/SHP_triplet/outermost_contour.dbf
rename to Tests/Input/Region_5_2006_01_01/SHP_triplet/outermost_contour.dbf
diff --git a/Tests/Input/Extraction_eddies_region_5/SHP_triplet/outermost_contour.shp b/Tests/Input/Region_5_2006_01_01/SHP_triplet/outermost_contour.shp
similarity index 100%
rename from Tests/Input/Extraction_eddies_region_5/SHP_triplet/outermost_contour.shp
rename to Tests/Input/Region_5_2006_01_01/SHP_triplet/outermost_contour.shp
diff --git a/Tests/Input/Extraction_eddies_region_5/SHP_triplet/outermost_contour.shx b/Tests/Input/Region_5_2006_01_01/SHP_triplet/outermost_contour.shx
similarity index 100%
rename from Tests/Input/Extraction_eddies_region_5/SHP_triplet/outermost_contour.shx
rename to Tests/Input/Region_5_2006_01_01/SHP_triplet/outermost_contour.shx
diff --git a/Tests/Input/h_region_5.nc b/Tests/Input/Region_5_2006_01_01/h_region_5.nc
similarity index 100%
rename from Tests/Input/h_region_5.nc
rename to Tests/Input/Region_5_2006_01_01/h_region_5.nc
diff --git a/Tests/Input/Extraction_eddies_region_5/mkdir_run_stdout.txt b/Tests/Input/Region_5_2006_01_01/mkdir_run_stdout.txt
similarity index 100%
rename from Tests/Input/Extraction_eddies_region_5/mkdir_run_stdout.txt
rename to Tests/Input/Region_5_2006_01_01/mkdir_run_stdout.txt
diff --git a/Tests/Input/Extraction_eddies_region_5/test.json b/Tests/Input/Region_5_2006_01_01/test.json
similarity index 100%
rename from Tests/Input/Extraction_eddies_region_5/test.json
rename to Tests/Input/Region_5_2006_01_01/test.json
diff --git a/Tests/Input/uv_region_5.nc b/Tests/Input/Region_5_2006_01_01/uv_region_5.nc
similarity index 100%
rename from Tests/Input/uv_region_5.nc
rename to Tests/Input/Region_5_2006_01_01/uv_region_5.nc
diff --git a/Tests/long_tests.json b/Tests/long_tests.json
index bcf4d0ad..ab18ebcc 100644
--- a/Tests/long_tests.json
+++ b/Tests/long_tests.json
@@ -19,13 +19,16 @@
"required": [["$src_dir/Tests/Input/h_region_3.nc", "h.nc"],
["$src_dir/Tests/Input/uv_region_3.nc", "uv.nc"]],
"input": "&main_nml /\n",
- "description": "Same as Extraction_eddies_region_3 except with 1 mm minimum amplitude."
+ "description":
+ "Same as Extraction_eddies_region_3 except with 1 mm minimum amplitude."
},
{
"args": ["$src_dir/mkdir_run.sh", "$build_dir/extraction_eddies"],
"title": "Extraction_eddies_region_5",
- "required": [["$src_dir/Tests/Input/h_region_5.nc", "h.nc"],
- ["$src_dir/Tests/Input/uv_region_5.nc", "uv.nc"]],
+ "required": [
+ ["$src_dir/Tests/Input/Region_5_2006_01_01/h_region_5.nc", "h.nc"],
+ ["$src_dir/Tests/Input/Region_5_2006_01_01/uv_region_5.nc",
+ "uv.nc"]],
"input": "&main_nml /\n",
"description": "Same as Extraction_eddies_region_4 with larger domain."
}
diff --git a/Tests/short_tests.json b/Tests/short_tests.json
index 67e23688..741fb13e 100644
--- a/Tests/short_tests.json
+++ b/Tests/short_tests.json
@@ -243,8 +243,8 @@
},
{
"args" : ["$src_dir/mkdir_run.sh", "$build_dir/test_overlap",
- "$src_dir/Tests/Input/Extraction_eddies_region_5/SHP_triplet",
- "$src_dir/Tests/Input/Extraction_eddies_region_5/SHP_triplet"],
+ "$src_dir/Tests/Input/Region_5_2006_01_01/SHP_triplet",
+ "$src_dir/Tests/Input/Region_5_2006_01_01/SHP_triplet"],
"title" : "Successive_overlap_region_5_one_date",
"description": "Same as Successive_overlap, but with larger domain: region 5 instead of region 4.",
"stdin_filename": "$src_dir/Tests/Input/successive_overlap_region_5_nml.txt"
@@ -305,7 +305,7 @@
},
{
"args" : ["$src_dir/mkdir_run.sh", "$build_dir/test_overlap",
- "$src_dir/Tests/Input/Extraction_eddies_region_5/SHP_triplet",
+ "$src_dir/Tests/Input/Region_5_2006_01_01/SHP_triplet",
"$src_dir/Tests/Input/SHP_triplet_region_5_2006_01_02"],
"title" : "Successive_overlap_region_5",
"description": "Same as Successive_overlap_region_2, but with a larger region. We get some merging and splitting.",
@@ -365,10 +365,11 @@
},
{
"args" : ["$src_dir/mkdir_run.sh", "$build_dir/test_overlap",
- "$src_dir/Tests/Input/Extraction_eddies_region_5/SHP_triplet",
+ "$src_dir/Tests/Input/Region_5_2006_01_01/SHP_triplet",
"$src_dir/Tests/Input/SHP_triplet_region_5_2006_01_02"],
"title" : "NSO_region_5",
- "description": "Same as Successive_overlap_region_5, except for max_delta.",
+ "description":
+ "Same as Successive_overlap_region_5, except for max_delta.",
"stdin_filename": "$src_dir/Tests/Input/NSO_region_5_nml.txt"
},
{
--
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