run_raw2l1_sirta3s.sh 8.13 KB
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#!/bin/bash

#==============================================================================
# moy1min.sh
#
#   Ce script sert à faire l'interface entre le traitement a qui calcule
# les moyennes 1 minutes des données radflux en zone 2 et le traitement b qui
# prend en charge le contrôle qualité des données.
#
#   Le traitement a en plus des moyennes 1 min calcule aussi la valeur minnimum
# et maximum utilisé pour calculer la moyenne et fourni l'écart-type
#
#   Le traitement b permet soit de faire un contrôle qualité automatique soit
# d'utiliser un fichier de contrôle qualité généré par un opérateur pour filtrer
# les données
#
# Parametres d'entree :
#----------------------
#   -h : Affiche l'aide
#   -v : Affiche la version du script
#   -d : Date a traiter (format AAAAMMJJ)
#   -e : Fichier contenant la liste des fichiers d'entree
#   -s : Fichier contenant la liste des fichiers de sortie
#   -c : Nom du fichier de configuration
#   -n : Niveau de deboggage
#   -t : Repertoire de travail
#
# Historique :
#-------------
Marc-Antoine Drouin's avatar
Marc-Antoine Drouin committed
30 31 32 33 34
#   20161206 : MAD SIRTA Creation v1.00
#   20170220 : MAD SIRTA add configuration for P7. use submodule for raw2l1
#            : v1.0.1 correct problem with path of configuration file
#            : v1.0.2 correct source for LISA configuration file
#   20170303 : v1.0.3 add material to process 3s SIRTA CL31 data
35
#            : v1.0.4 correct several bugs in 3s script and make 30s script more robust
36
#   20180523 : v1.0.5 use a more generic way to get the python interpreter
Marc-Antoine Drouin's avatar
Marc-Antoine Drouin committed
37
#   20180913 : v1.0.6 add configuration file for CEREA CL51
Marc-Antoine Drouin's avatar
Marc-Antoine Drouin committed
38
#   20190206 : v1.0.9 add configuration file for CEREA CL51 in jussieu
39 40 41 42 43 44 45 46 47
#
# SIRTA 2013
#==============================================================================

#==============================================================================
# usage
#
#   Cette fonction decrit l'utilisation et les parametres d'entree du script
#==============================================================================
48
function usage {
49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74
    echo -n "Utilisation de $NOM_PRGM : $NOM_PRGM [-h|-v] -d date -e liste_fich_entree "
    echo -n "[[-e liste_fich_basse_entree]...] -s liste_fich_sortie -t rep_travail "
    echo -n "-n niv_debogage"
    echo
    echo -e "  -d\tseules les donnees appartenant a cette date sont selectionnees,"
    echo -e "  \tle format de la date est du type aaaammjj"
    echo -e "  -e\tliste des fichiers niveau 1 5s ou 1s"
    echo -e "  -s\tliste des fichiers niveau 1 1min a creer"
    echo -e "  -n\tniveau de debogage (0 a 3)"
    echo -e "  -v\taffiche la version du programme"
    echo -e "  -c\tfichier de configuration"
    echo -e "  -h\taffiche cette aide"
    echo "Les fichiers a convertir doivent respecter la convention de nommage SIRTA."
}

#==============================================================================
# consignerMsg
#
#   Enregistre les messages dans un fichier de log et les affiche sur la sortie
# standard. La variable globale ENTETE_MSG peut etre initialisee avant l'appel.
# Le message n'est affiche que si son numero de debugage est inferieur ou egale
# a celui contenu dans la variable d'environnement DEBUG
# $1 : message
# $2 : niveau de debogage
#==============================================================================

75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89
function consignerMsg {
    local heure=$(date +%d/%m/%Y,%H:%M:%S)
    local niv_deb=$2

    if [[ $# -gt 2 ]]; then
        consignerMsg "consignerMsg attend au maximum deux arguments"
        return 1
    fi
    [[ -z $niv_deb || $niv_deb -lt 0 ]] && niv_deb=0
    if [[ $niv_deb -le $DEBUG ]]; then
        if [[ -n "$ENTETE_MSG" ]]; then
            echo "$heure, $ENTETE_MSG : $1"
        else
            echo "$heure, $1"
        fi
90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106
    fi
}

################################################################################
#
#                           Debut du script
#
################################################################################

NOM_PRGM=$(basename $0)
ENTETE_MSG=$NOM_PRGM
ERREUR=0
DEBUG=0
VERSION=1
REP_SOURCES=$(dirname $(readlink -f $0))

# date à partir de laquelle le h2 passe a on
107
H2_ON_DATE=$(date -u -d 20150520 +%s)
108 109 110 111 112 113

n=0

#------------------------------------------------------------------------------
# Recupere les parametres de la lignes de commande
#------------------------------------------------------------------------------
114 115
while getopts :d:e:s:t:n:hv option; do
    case $option in
116
    d) date="$OPTARG" ;;
117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128
    h)
        usage
        exit 0
        ;;
    v)
        echo $VERSION
        exit 0
        ;;
    e)
        liste_entree[n]="$OPTARG"
        let n++
        ;;
129 130 131 132
    s) liste_sortie=${OPTARG} ;;
    t) REP_TRAVAIL=${OPTARG} ;;
    n) DEBUG=${OPTARG} ;;
    # permet de sauter des options inconnues sans sortir de while
133
    ?) while [[ $OPTIND -le $# && ${!OPTIND:0:1} != '-' ]]; do OPTIND=$((OPTIND + 1)); done ;;
134
    *) ERREUR=1 ;;
135
    esac
136 137
done

138
DATE_AS_SECONDS=$(date -u -d $date +%s)
139 140

# RAW2L1 needed path
Marc-Antoine Drouin's avatar
Marc-Antoine Drouin committed
141
PYTHON="/usr/bin/env python3"
142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155
RAW2L1=${REP_SOURCES}"/sirta-raw2l1/raw2l1/raw2l1.py"
RAW2L1_LOGS=${REP_SOURCES}"/logs/raw2l1.log"

NCKS="/usr/bin/ncks"

#------------------------------------------------------------------------------
# verification des parametres
#------------------------------------------------------------------------------
if [[ $ERREUR != 0 ]]; then
    usage
    exit 1
fi

let n--
156
while [[ $n -ge 0 ]]; do
157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197
    if [[ -z ${liste_entree[n]} ]]; then
        consignerMsg "Il faut indiquer la liste des fichiers d'entree a traiter."
        exit 1
    fi
    if [[ ! -f ${liste_entree[n]} ]]; then
        consignerMsg "La liste de fichiers d'entree ${liste_entree[n]} est vide ou n'existe pas."
        exit 1
    fi
    let n--
done

if [[ -z $liste_sortie ]]; then
    consignerMsg "Il faut indiquer la liste des fichiers de sortie a creer."
    exit 1
fi

if [[ ! -f $liste_sortie || ! -s $liste_sortie ]]; then
    consignerMsg "La liste de fichiers de sortie $liste_sortie est vide ou n'existe pas."
    exit 1
fi

if [[ -z $REP_TRAVAIL ]]; then
    consignerMsg "Il faut indiquer un repertoire de travail."
    exit 1
fi

if [[ ! -d $REP_TRAVAIL ]]; then
    consignerMsg "Le repertoire de travail $REP_TRAVAIL n'existe pas."
    exit 1
fi

#------------------------------------------------------------------------------
#       Traitement
#------------------------------------------------------------------------------

# Recuperation des fichiers d entree radflux
# On verifie d'abord si le fichier 1s existe si il n'existe pas on cherche le 5s
# Si on n'en trouve aucun on quitte
#------------------------------------------------------------------------------

n=0
198
if [[ $DATE_AS_SECONDS -le $H2_ON_DATE ]]; then
199
    # fichier avec h2 off
200
    consignerMsg "configuration h2 off"
201
    while read l; do
202 203
        fich_entree[n]=$l
        let n++
204
    done <${liste_entree[0]}
205

206
    RAW2L1_CONF=${REP_SOURCES}"/conf_vaisala_cl31_sirtaLz1R5mF3s-h2off.ini"
207 208
else
    # fichier avec h2 on
209
    consignerMsg "configuration h2 on"
210
    while read l; do
211 212
        fich_entree[n]=$l
        let n++
213
    done <${liste_entree[1]}
214

215
    RAW2L1_CONF=${REP_SOURCES}"/conf_vaisala_cl31_sirtaLz1R5mF3s-h2on.ini"
216 217 218
fi

# test pour savoir si fichier du jour disponible
219
if [[ ${#fich_entree[*]} -lt 2 ]]; then
220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236
    consignerMsg "Pas de fichier du jour a traiter"
    exit 1
fi

# Recuperation des fichiers de sortie
#------------------------------------------------------------------------------
fich_sortie=$(cat $liste_sortie)

# fichier temporaire
tmpfile=$(mktemp $REP_TRAVAIL/test_XXXXX.nc)

# conversion avec raw2l1
#------------------------------------------------------------------------------
cmd="$PYTHON $RAW2L1 '$date' $RAW2L1_CONF ${fich_entree[@]} $tmpfile -log $RAW2L1_LOGS -v info"

eval $cmd

237
if [[ $? == 0 ]]; then
238 239
    # suppression des donnees qui ne correspondent pas au jour
    #-------------------------------------------------------------------------
240 241
    date_as_days=$(bc -l <<<"$(date -u -d "$date" +%s)/86400")
    date_p1=$(bc -l <<<"($(date -u -d "$date" +%s)+86399)/86400")
242

243
    cmd="$NCKS -h -O -d time,${date_as_days},${date_p1} $tmpfile $fich_sortie"
244

245 246 247 248 249 250
    consignerMsg "suppression des données n'appartenant au jour traite"
    eval $cmd
else
    \rm $tmpfile
    exit 1
fi
251 252 253 254

\rm $tmpfile

if (($? > 1)); then
255
    exit 1
256 257 258
fi

exit 0