run_raw2l1_sirta3s.sh 7.59 KB
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#!/bin/bash

#==============================================================================
# moy1min.sh
#
#   Ce script sert à faire l'interface entre le traitement a qui calcule
# les moyennes 1 minutes des données radflux en zone 2 et le traitement b qui
# prend en charge le contrôle qualité des données.
#
#   Le traitement a en plus des moyennes 1 min calcule aussi la valeur minnimum
# et maximum utilisé pour calculer la moyenne et fourni l'écart-type
#
#   Le traitement b permet soit de faire un contrôle qualité automatique soit
# d'utiliser un fichier de contrôle qualité généré par un opérateur pour filtrer
# les données
#
# Parametres d'entree :
#----------------------
#   -h : Affiche l'aide
#   -v : Affiche la version du script
#   -d : Date a traiter (format AAAAMMJJ)
#   -e : Fichier contenant la liste des fichiers d'entree
#   -s : Fichier contenant la liste des fichiers de sortie
#   -c : Nom du fichier de configuration
#   -n : Niveau de deboggage
#   -t : Repertoire de travail
#
# Historique :
#-------------
Marc-Antoine Drouin's avatar
Marc-Antoine Drouin committed
30 31 32 33 34
#   20161206 : MAD SIRTA Creation v1.00
#   20170220 : MAD SIRTA add configuration for P7. use submodule for raw2l1
#            : v1.0.1 correct problem with path of configuration file
#            : v1.0.2 correct source for LISA configuration file
#   20170303 : v1.0.3 add material to process 3s SIRTA CL31 data
35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252
#
# SIRTA 2013
#==============================================================================

#==============================================================================
# usage
#
#   Cette fonction decrit l'utilisation et les parametres d'entree du script
#==============================================================================
function usage
{
    echo -n "Utilisation de $NOM_PRGM : $NOM_PRGM [-h|-v] -d date -e liste_fich_entree "
    echo -n "[[-e liste_fich_basse_entree]...] -s liste_fich_sortie -t rep_travail "
    echo -n "-n niv_debogage"
    echo
    echo -e "  -d\tseules les donnees appartenant a cette date sont selectionnees,"
    echo -e "  \tle format de la date est du type aaaammjj"
    echo -e "  -e\tliste des fichiers niveau 1 5s ou 1s"
    echo -e "  -s\tliste des fichiers niveau 1 1min a creer"
    echo -e "  -n\tniveau de debogage (0 a 3)"
    echo -e "  -v\taffiche la version du programme"
    echo -e "  -c\tfichier de configuration"
    echo -e "  -h\taffiche cette aide"
    echo "Les fichiers a convertir doivent respecter la convention de nommage SIRTA."
}


#==============================================================================
# consignerMsg
#
#   Enregistre les messages dans un fichier de log et les affiche sur la sortie
# standard. La variable globale ENTETE_MSG peut etre initialisee avant l'appel.
# Le message n'est affiche que si son numero de debugage est inferieur ou egale
# a celui contenu dans la variable d'environnement DEBUG
# $1 : message
# $2 : niveau de debogage
#==============================================================================

function consignerMsg
{
  local heure=$(date +%d/%m/%Y,%H:%M:%S)
  local niv_deb=$2

  if [[ $# -gt 2 ]]; then
    consignerMsg "consignerMsg attend au maximum deux arguments"
    return 1
  fi
  [[ -z $niv_deb || $niv_deb -lt 0 ]] && niv_deb=0
  if [[ $niv_deb -le $DEBUG ]]; then
    if [[ -n "$ENTETE_MSG" ]]; then
      echo "$heure, $ENTETE_MSG : $1"
    else
      echo "$heure, $1"
    fi
  fi
}

################################################################################
#
#                           Debut du script
#
################################################################################

NOM_PRGM=$(basename $0)
ENTETE_MSG=$NOM_PRGM
ERREUR=0
DEBUG=0
VERSION=1
REP_SOURCES=$(dirname $(readlink -f $0))

# date à partir de laquelle le h2 passe a on
H2_ON_DATE = $(date -u -d 20150520 +%s)

n=0

#------------------------------------------------------------------------------
# Recupere les parametres de la lignes de commande
#------------------------------------------------------------------------------
while getopts :d:e:s:t:n:c:hv option
do
  case $option in
    d) date="$OPTARG" ;;
    h) usage
       exit 0 ;;
    v) echo $VERSION
       exit 0 ;;
    e) liste_entree[n]="$OPTARG"
       let n++ ;;
    s) liste_sortie=${OPTARG} ;;
    t) REP_TRAVAIL=${OPTARG} ;;
    n) DEBUG=${OPTARG} ;;
    c) fich_conf="$OPTARG" ;;
    # permet de sauter des options inconnues sans sortir de while
    ?) while [[ $OPTIND -le $# && ${!OPTIND:0:1} != '-' ]]; do OPTIND=$((OPTIND+1)); done ;;
    *) ERREUR=1 ;;
  esac
done

DATE_AS_SECONDS = $(date -u -d $date +%s)

# RAW2L1 needed path
PYTHON="/opt/python_envs/python2/bin/python"
RAW2L1=${REP_SOURCES}"/sirta-raw2l1/raw2l1/raw2l1.py"
RAW2L1_LOGS=${REP_SOURCES}"/logs/raw2l1.log"

NCKS="/usr/bin/ncks"

#------------------------------------------------------------------------------
# verification des parametres
#------------------------------------------------------------------------------
if [[ $ERREUR != 0 ]]; then
    usage
    exit 1
fi

let n--
while [[ $n -ge 0 ]]
do
    if [[ -z ${liste_entree[n]} ]]; then
        consignerMsg "Il faut indiquer la liste des fichiers d'entree a traiter."
        exit 1
    fi
    if [[ ! -f ${liste_entree[n]} ]]; then
        consignerMsg "La liste de fichiers d'entree ${liste_entree[n]} est vide ou n'existe pas."
        exit 1
    fi
    let n--
done

if [[ -z $liste_sortie ]]; then
    consignerMsg "Il faut indiquer la liste des fichiers de sortie a creer."
    exit 1
fi

if [[ ! -f $liste_sortie || ! -s $liste_sortie ]]; then
    consignerMsg "La liste de fichiers de sortie $liste_sortie est vide ou n'existe pas."
    exit 1
fi

if [[ -z $REP_TRAVAIL ]]; then
    consignerMsg "Il faut indiquer un repertoire de travail."
    exit 1
fi

if [[ ! -d $REP_TRAVAIL ]]; then
    consignerMsg "Le repertoire de travail $REP_TRAVAIL n'existe pas."
    exit 1
fi


#------------------------------------------------------------------------------
#       Traitement
#------------------------------------------------------------------------------

# Recuperation des fichiers d entree radflux
# On verifie d'abord si le fichier 1s existe si il n'existe pas on cherche le 5s
# Si on n'en trouve aucun on quitte
#------------------------------------------------------------------------------

n=0
if [[ $DATE_AS_SECONDS -lt H2_ON_DATE ]]
then
    # fichier avec h2 off
    while read l
    do
        fich_entree[n]=$l
        let n++
    done < ${liste_entree[0]}

    RAW2L1_CONF=${REP_SOURCES}"/conf_vaisala_cl31_sirta3s-h2off.ini"
else
    # fichier avec h2 on
    while read l
    do
        fich_entree[n]=$l
        let n++
    done < ${liste_entree[1]}

    RAW2L1_CONF=${REP_SOURCES}"/conf_vaisala_cl31_sirta3s-h2on.ini"
fi

# test pour savoir si fichier du jour disponible
if [[ ${#fich_entree[*]} -lt 2 ]]
then
    consignerMsg "Pas de fichier du jour a traiter"
    exit 1
fi

# Recuperation des fichiers de sortie
#------------------------------------------------------------------------------
fich_sortie=$(cat $liste_sortie)

# fichier temporaire
tmpfile=$(mktemp $REP_TRAVAIL/test_XXXXX.nc)

# conversion avec raw2l1
#------------------------------------------------------------------------------
cmd="$PYTHON $RAW2L1 '$date' $RAW2L1_CONF ${fich_entree[@]} $tmpfile -log $RAW2L1_LOGS -v info"

eval $cmd

# suppression des donnees qui ne correspondent pas au jour
#-----------------------------------------------------------------------------
date_as_days=$(($(date -u -d "$date" +%s)/86400))
date_p1=$(($date_as_days + 1))

cmd="$NCKS -h -O -d time,${date_as_days}.0,${date_p1}.0 $tmpfile $fich_sortie"

consignerMsg "suppression des données n'appartenant au jour traite"
eval $cmd

\rm $tmpfile

if (($? > 1)); then
	exit 1
fi

exit 0