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MesuIcs.md
View page @ 303e0396
# Utiliser les machines MESU de l'ICS #
Les machines sont gérées par l'[institut du calcul et de la simulation (ICS)](http://ics.sorbonne-universites.fr/), sur le réseau de la DSI de l'[UPMC](http://www.upmc.fr).
# Working on MESU computers from ISCD
Computers are managed by [ISCD (Institut des Sciences du Calcul et des Données — Computing and Data Science Institute)](http://asclepios.dsi.upmc.fr/). They are on the DSI network of [Sorbonne Université](http://www.sorbonne-universite.fr).
## Informations ##
* Le [wiki mesu de l'ICS](http://asclepios.dsi.upmc.fr/mesu/index.php/Main_Page)
* Le [forum mesu de l'ICS](http://asclepios.dsi.upmc.fr/icsforum/)
* Pour toute question [mesu@upmc.fr](mailto:mesu@upmc.fr)
## Informations
* The [mesu wiki of ISCD](http://asclepios.dsi.upmc.fr/mesu/index.php/Main_Page)
* ~~The [mesu forum of ISCD](http://asclepios.dsi.upmc.fr/icsforum/)~~
* For any question [mesu@upmc.fr](mailto:mesu@upmc.fr)
## Les machines MESU en résumé ##
Pour plus de détail, on consultera le wiki bien entendu.
### Machines ###
Il y a 5 machines interactives, 3 standard et 2 pour les GPU, nommées `mesu0` à `mesu4`. On préférera utiliser les *alias* respectivement `mesu.dsi.upmc.fr` et `mesugpu.dsi.upmc.fr` pour se connecter.
## MESU computers, a summary
For more detailed information, please refer to the wiki of course.
Les machines interactives standard ne sont pas là pour le calcul, il faut utiliser PBS pour soumettre les jobs.
### Machines
There are 5 interactive machines, 3 standard ones and 2 for GPU, named from `mesu0` to `mesu4`. One should use *alias* to connect to them, respectively `mesu.dsi.upmc.fr` and `mesugpu.dsi.upmc.fr`.
Physiquement, il y a actuellement 2 machines de calcul :
* `mesu-alpha`, 1024 cœurs, qui est une machine à mémoire partagée de 16 TB
* `mesu-beta`, 2020 cœurs, qui est une machine à mémoire distribuée de 21 TB, et qui possède également 4 cartes GPU K5200.
Interactive standard machines are not designed for computation, pleaser use PBS to submit computed oriented jobs.
Hormis pour les jobs orientés GPU, les queues des machines sont accessibles par n'importe quelle machine interactive frontale.
Physically, there are currently 2 computing machines (refer to wiki for updated informations) :
* `mesu-alpha`, 1024 cores, a 16 TB shared memory machine
* `mesu-beta`, 2020 cores, a 21 TB distributed memory machine, which owns 4 (four) K5200 GPU boards.
### Outils ###
La machine utilise les *modules* pour la configuration de chaque session utilisateur. Pour lister les *modules* disponibles :
Except for GPU oriented jobs, computing queues are available from any interactive front machine.
### Tools
The machine is using *modules* for each user session configuration. To list available *modules* :
```bash
module avail
```
## Utilisation pratique pour nos applications au LPNHE ##
### Compilateurs ###
On peut utiliser les compilateurs GNU ou Intel. Le compilateur GNU est disponible sans configuration particulière. Pour le compilateur Intel, faire par exemple :
## Practical use for our LPNHE applications\
### Compilers ###
One can use GNU or Intel compilers. The GNU compiler is available without any particular configuration. For the Intel compiler, one should do for example :
```bash
module load intel-compilers-13
```
Pour la suite on définira utilement les variables suivantes :
From this point, let's usefully define following variables :
```bash
#COMPILO=gcc4.3.4
COMPILO=icc13.0.1
SOFTDIR=$HOME/soft
```
Exemple de lignes d'options de compilation (à adapter en fonction des besoins bien sûr) :
Example of command line options for compiling (to be adapted according the needs of course) :
* OpenMP - GNU :
```bash
......@@ -60,20 +61,20 @@ module load mpt
MEMTK/inc -L$LIBMEMTK/lib/$ARCH_TYPE -lMEM -lEG -lmpi -L$HOME/soft/Cuba3.2-icc13
.0.1/lib -lcuba go_mpi.cxx
```
Pour le *profilage* de code, on pourra utiliser les outils SGI comme `perfsuite` disponible dans les *modules*.
For the code *profiling*, one should use SGI tools like `perfsuite`, available in *modules*.
### CVMFS ###
L'outil [`cvmfs`](https://cernvm.cern.ch/portal/filesystem) est installé sur les machines MESU. En revanche, à ce jour, il ne semble pas fonctionnel.
*(à compléter)*
### CVMFS
The [`cvmfs`](https://cernvm.cern.ch/portal/filesystem) tool is installed on Mesu machines. On the other hand, nowadays, it does not seem to be fully functional.
*(to be completed)*
### ROOT ###
L'outil [`root`](https://root# --- CUBA dep.cern.ch/) n'est pas installé. Il devrait est disponible via `cvmfs`; à défaut, on en trouvera une version dans `/home/beau/soft/root5.34.10-gcc4.3.4` et `root5.34.10-icc13.0.1`, respectivement pour les compilateurs `gcc4.3.4` et `icc13.0.1`.
### ROOT
The [`root`](https://root# --- CUBA dep.cern.ch/) tool is not installed. It should be available through `cvmfs`; if not, one will find a local version at `/home/beau/soft/root5.34.10-gcc4.3.4` and `root5.34.10-icc13.0.1`, respectively for `gcc4.3.4` and `icc13.0.1` compilers.
```bash
ROOTVERSION=root5.34.10
. $SOFTDIR/$ROOTVERSION-$COMPILO/bin/thisroot.sh
```
### Autres outils ###
### Other tools ###
* [`lhapf`](https://lhapdf.hepforge.org/)
```bash
......@@ -91,4 +92,4 @@ export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$CUBALIB/lib
export CUBACORES=0 # i.e. all cores
```
* [`Task Spooler`](http://vicerveza.homeunix.net/~viric/soft/ts/) : binaire disponible dans `$SOFTDIR/bin`.
* [`Task Spooler`](http://vicerveza.homeunix.net/~viric/soft/ts/) : available binary at `$SOFTDIR/bin`.