English version authored by Tristan Beau's avatar Tristan Beau
# Utiliser les machines MESU de l'ICS # # Working on MESU computers from ISCD
Les machines sont gérées par l'[institut du calcul et de la simulation (ICS)](http://ics.sorbonne-universites.fr/), sur le réseau de la DSI de l'[UPMC](http://www.upmc.fr). Computers are managed by [ISCD (Institut des Sciences du Calcul et des Données — Computing and Data Science Institute)](http://asclepios.dsi.upmc.fr/). They are on the DSI network of [Sorbonne Université](http://www.sorbonne-universite.fr).
## Informations ## ## Informations
* Le [wiki mesu de l'ICS](http://asclepios.dsi.upmc.fr/mesu/index.php/Main_Page) * The [mesu wiki of ISCD](http://asclepios.dsi.upmc.fr/mesu/index.php/Main_Page)
* Le [forum mesu de l'ICS](http://asclepios.dsi.upmc.fr/icsforum/) * ~~The [mesu forum of ISCD](http://asclepios.dsi.upmc.fr/icsforum/)~~
* Pour toute question [mesu@upmc.fr](mailto:mesu@upmc.fr) * For any question [mesu@upmc.fr](mailto:mesu@upmc.fr)
## Les machines MESU en résumé ## ## MESU computers, a summary
Pour plus de détail, on consultera le wiki bien entendu. For more detailed information, please refer to the wiki of course.
### Machines ###
Il y a 5 machines interactives, 3 standard et 2 pour les GPU, nommées `mesu0` à `mesu4`. On préférera utiliser les *alias* respectivement `mesu.dsi.upmc.fr` et `mesugpu.dsi.upmc.fr` pour se connecter.
Les machines interactives standard ne sont pas là pour le calcul, il faut utiliser PBS pour soumettre les jobs. ### Machines
There are 5 interactive machines, 3 standard ones and 2 for GPU, named from `mesu0` to `mesu4`. One should use *alias* to connect to them, respectively `mesu.dsi.upmc.fr` and `mesugpu.dsi.upmc.fr`.
Physiquement, il y a actuellement 2 machines de calcul : Interactive standard machines are not designed for computation, pleaser use PBS to submit computed oriented jobs.
* `mesu-alpha`, 1024 cœurs, qui est une machine à mémoire partagée de 16 TB
* `mesu-beta`, 2020 cœurs, qui est une machine à mémoire distribuée de 21 TB, et qui possède également 4 cartes GPU K5200.
Hormis pour les jobs orientés GPU, les queues des machines sont accessibles par n'importe quelle machine interactive frontale. Physically, there are currently 2 computing machines (refer to wiki for updated informations) :
* `mesu-alpha`, 1024 cores, a 16 TB shared memory machine
* `mesu-beta`, 2020 cores, a 21 TB distributed memory machine, which owns 4 (four) K5200 GPU boards.
### Outils ### Except for GPU oriented jobs, computing queues are available from any interactive front machine.
La machine utilise les *modules* pour la configuration de chaque session utilisateur. Pour lister les *modules* disponibles :
### Tools
The machine is using *modules* for each user session configuration. To list available *modules* :
```bash ```bash
module avail module avail
``` ```
## Utilisation pratique pour nos applications au LPNHE ## ## Practical use for our LPNHE applications\
### Compilateurs ### ### Compilers ###
On peut utiliser les compilateurs GNU ou Intel. Le compilateur GNU est disponible sans configuration particulière. Pour le compilateur Intel, faire par exemple : One can use GNU or Intel compilers. The GNU compiler is available without any particular configuration. For the Intel compiler, one should do for example :
```bash ```bash
module load intel-compilers-13 module load intel-compilers-13
``` ```
Pour la suite on définira utilement les variables suivantes : From this point, let's usefully define following variables :
```bash ```bash
#COMPILO=gcc4.3.4 #COMPILO=gcc4.3.4
COMPILO=icc13.0.1 COMPILO=icc13.0.1
SOFTDIR=$HOME/soft SOFTDIR=$HOME/soft
``` ```
Exemple de lignes d'options de compilation (à adapter en fonction des besoins bien sûr) : Example of command line options for compiling (to be adapted according the needs of course) :
* OpenMP - GNU : * OpenMP - GNU :
```bash ```bash
...@@ -60,20 +61,20 @@ module load mpt ...@@ -60,20 +61,20 @@ module load mpt
MEMTK/inc -L$LIBMEMTK/lib/$ARCH_TYPE -lMEM -lEG -lmpi -L$HOME/soft/Cuba3.2-icc13 MEMTK/inc -L$LIBMEMTK/lib/$ARCH_TYPE -lMEM -lEG -lmpi -L$HOME/soft/Cuba3.2-icc13
.0.1/lib -lcuba go_mpi.cxx .0.1/lib -lcuba go_mpi.cxx
``` ```
Pour le *profilage* de code, on pourra utiliser les outils SGI comme `perfsuite` disponible dans les *modules*. For the code *profiling*, one should use SGI tools like `perfsuite`, available in *modules*.
### CVMFS ### ### CVMFS
L'outil [`cvmfs`](https://cernvm.cern.ch/portal/filesystem) est installé sur les machines MESU. En revanche, à ce jour, il ne semble pas fonctionnel. The [`cvmfs`](https://cernvm.cern.ch/portal/filesystem) tool is installed on Mesu machines. On the other hand, nowadays, it does not seem to be fully functional.
*(à compléter)* *(to be completed)*
### ROOT ### ### ROOT
L'outil [`root`](https://root# --- CUBA dep.cern.ch/) n'est pas installé. Il devrait est disponible via `cvmfs`; à défaut, on en trouvera une version dans `/home/beau/soft/root5.34.10-gcc4.3.4` et `root5.34.10-icc13.0.1`, respectivement pour les compilateurs `gcc4.3.4` et `icc13.0.1`. The [`root`](https://root# --- CUBA dep.cern.ch/) tool is not installed. It should be available through `cvmfs`; if not, one will find a local version at `/home/beau/soft/root5.34.10-gcc4.3.4` and `root5.34.10-icc13.0.1`, respectively for `gcc4.3.4` and `icc13.0.1` compilers.
```bash ```bash
ROOTVERSION=root5.34.10 ROOTVERSION=root5.34.10
. $SOFTDIR/$ROOTVERSION-$COMPILO/bin/thisroot.sh . $SOFTDIR/$ROOTVERSION-$COMPILO/bin/thisroot.sh
``` ```
### Autres outils ### ### Other tools ###
* [`lhapf`](https://lhapdf.hepforge.org/) * [`lhapf`](https://lhapdf.hepforge.org/)
```bash ```bash
...@@ -91,4 +92,4 @@ export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$CUBALIB/lib ...@@ -91,4 +92,4 @@ export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$CUBALIB/lib
export CUBACORES=0 # i.e. all cores export CUBACORES=0 # i.e. all cores
``` ```
* [`Task Spooler`](http://vicerveza.homeunix.net/~viric/soft/ts/) : binaire disponible dans `$SOFTDIR/bin`. * [`Task Spooler`](http://vicerveza.homeunix.net/~viric/soft/ts/) : available binary at `$SOFTDIR/bin`.