Added seed option to indel script (was tested; seems to work).

lib/scripts/add_indels.py

@@ -40,7 +40,6 @@ from Bio.Align import MultipleSeqAlignment
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 # inputs
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-
 ### Option defining
 parser = argparse.ArgumentParser(prog="add_indels.py",
                                  description='')
@@ -58,6 +57,8 @@ requiredOptions.add_argument('-p', '--indel_p', type=float,
                    help="indel proportion", required=True)
 requiredOptions.add_argument('-c', '--codon', action="store_true",
                    help="is codon data")
+requiredOptions.add_argument('-r', '--random_seed', type=int,
+                             help="random seed", required=False)
 ##############
 
 
@@ -68,6 +69,8 @@ AliFile = args.ali
 OutFile = args.output
 IndelP = args.indel_p
 IsCodon = args.codon
+rseed = args.random_seed if args.random_seed else random.randint(0, sys.maxsize)
+random.seed(rseed)
 
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 # Set up output directory and logger
@@ -88,6 +91,8 @@ logger.addHandler(ch)
 
 logger.debug(sys.argv)
 
+logger.info("Random seed is %s", rseed)
+
 
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 # Read input alignment
@@ -105,7 +110,6 @@ logger.info("Ali (%s) ok after checking", AliFile.name)
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 # Add indels in the ali
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-
 def add_indels(string, p):
     if p > 0:
         if not IsCodon:
@@ -138,9 +142,7 @@ for s in ali:
 
 logger.info("Indel replacement ok")
 
-
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 # Create output files
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-
 AlignIO.write(MultipleSeqAlignment(new_ali), OutFile, "fasta")