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# Prise en main de iRODS
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contact@prabi.fr
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## Remerciements

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If you use the computing resources of LBBE / PRABI, thank you to make it
appear in your scientific publications by including the following sentence:
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"This work was performed using the computing facilities of the CC LBBE/PRABI."
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## Prérequis:

* Formation aux bonnes pratiques d'utilisationn des ressources mutualisées (cluster, cloud, iRODS)
* Un compte sur l'infrastructure mutualisée LBBE/PRABI-AMSB (contact: contact@prabi.fr pour les utilisateurs hors LBBE)
* Un compte sur le CCin2p3 (contact: Simon Penel (LBBE, Tristan Lefebure (LEHNA)))
* des bases en lignes de commandes UNIX (ssh, mkdir, cd, touch)

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# iRODS

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iRODS (integrated Rule-Oriented Data System) est un système de virtualisation du stockage. Ce système permet un accès transparent aux données réparties sur différents sites et sur des supports hétérogènes (systèmes de fichiers sur disque, bases de données, systèmes de bandes, etc.).

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Les utilisateurs de l'infrastructure mutualisée LBBE/PRABI-amsb ont la possibilité de stocker leur données sur le système iRODS administré par le PI du LBBE et/ou sur celui administré par le ccin2p3.
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# iRODS du cc LBBE/PRABI-AMSB
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Un système iRODS est proposé par le CC mutualisé LBBE/PRABI-amsb pour un stockage dit "froid" et à moyen terme des données en complément du système de stockage "tiède" sous `/beegfs`. Les données sous `/beefs/data/<user_account>` n'étant pas sauveguardées (voir <a href="https://gitlab.in2p3.fr/vincent.navratil/training-prabi/-/blob/master/handson-slurm/README.md" target="_blank">atelier slurm</a>), l'utilisation du système iRODS est indispensable pour assurer la pérénité à court de vos données par exemple lors d'un projet de calcul sur le cluster. 
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La capacité de stockage sous les système iRODS du CC LBBE/PARBI-AMSB est actuellement de **360 To.**

Si vous souhaitez faire un transfert depuis votre ordinateur (machine exterieur à l'infrastructure), il vous faudra installer un client iRODS (Icommand ou autre). Suivre les très bonnes indications fournies par le ccin2p3 (https://doc.cc.in2p3.fr/fr/Data-storage/distributed-storage/irods.html#client-irods).

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Depuis pbil-gates, le client étant déjà installé il vous suffit de créer un répertoire `~/.irods/` dans votre home et de lancer la _**iCommand**_ `iinit` dans votre terminal:
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```
iinit
Enter your current PAM password:
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Vous aurez besoin d'un certain nombre d'informations concernant le serveur iRODS:

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````
irods_host = lbbe-irods-local
irods_port= 1247
irods_zone_name= lbbeZone
````
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Un fichier de configuration `irods_environment.json` dans le répertoire `~/.irods/` sera crée que vous pourez aisément éditer manuellement si besoin. 
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# iRODS du ccin2p3
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Vous avez également accès au système iRODS du CCIN2P3.
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La procédure (création de compte, configuration) est décrite sur le site du ccin2p3:
https://doc.cc.in2p3.fr/fr/Data-storage/distributed-storage/irods.html

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Si vous souhaitez créer un compte contacter les Cezars/correspondant des laboratoires:
cezar pour le LBBE et de la FR BioEEnvis (Simon Penel)
cezar pour le LEHNA (Tristan Lefebure) 
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## Références
https://irods.org/

https://www.projet-plume.org/fiche/iRODS

https://forge.in2p3.fr/projects/france-grilles-documentation/wiki/Description_du_logiciel_iRODS
https://forge.in2p3.fr/projects/france-grilles-documentation/wiki/Mise_en_place_de_son_environnement_de_travail_iRODS