README.md

# Initiation à R à travers RStudio

<a href="https://rstudio.com"><img src="https://d33wubrfki0l68.cloudfront.net/62bcc8535a06077094ca3c29c383e37ad7334311/a263f/assets/img/logo.svg" width=200px></a>

## Prérequis
- sans prérequis
- sans formation aux lignes de commandes

## Objectif de l'atelier
- savoir installer la version desktop de RStudio
- utiliser les principales fonctionnalités des panneaux de RStudio (édition, console, navigateurs)
- créer un projet RStudio
- savoir où sont sauveguardée les historique, les objets R, les données

## Support de l'atelier

![Getting started with RStudio](https://learning.oreilly.com/library/cover/9781449314798/250w/)

## Qu'est ce que R ?
- un environnement logiciel open-source pour les calculs scientifiques et les graphiques.
- disponibles pour Windows, Mac OS X et plusieurs plateformes UNIX (incluant Linux) sous forme de binaires (compilés)
- Robert Gentleman and Ross Ihaka et la R’s core development team
- un langage de programmation (de script) interprété + add-on package
- the Comprehensive R Archive Network (CRAN) http://cran.r-project.org

## Pourquoi utiliser l'IDE RStudio ?
- IDE (Integrated Development Environnment)
- projet open-source, multi-plateformes (Windows, Mac Os X, UNIX)
- mode standalone () ou serveur (à travers un naviguateur web)
- faciliter l'écriture le développement de programme et de fonctions dans un environnement intégré
- organisé sous forme de 4 panneaux (éditeur de code source, console+terminal, navigateur d'objets, navigateurs de fichiers/graphiques/packages)
- plus convivial que la console R pour débuter, plus facile à apprendre que Emacs, plus facile à installer que Eclipse ...
- développement actif

## Installation de la version Desktop

https://rstudio.com/products/rstudio/download/#download

## Utilisation de RStudio

### Notion d'Espace de travail (Workspace) en R

> - Le programme R est lancé dans le répertoire courant (**working directory** - wd)
> - Si présentes, les commandes dans le fichier **.Rprofile** sont executées
> - Si présentes les données dans le fichier **.Rdata** sont chargées
> - En quitant (à l'aide de la commande **quit()**), l'utilisateur peut sauvegarder son espace de travail en répondant "yes" à la question "Save workspace image ?" (les données stockées dans les **objets R** seront écrites dans le **.RData**, les commandes dans le fichier **.Rhistory**)
> - Il y a la possibilité d'utiliser la commande **save.image()** ou **save()**en cours de session pour sauveguarder respectivement tout ou une partie des objets de la session dans un fichier au foramt .RData. Il y a la possibilité de recharger ce fichier à l'aide de la fonction **load()**

### Notion de Projets sous RStudio

RStudio peut créer un nouveau projet (**"New  Directory"**) ou importer un projet existant depuis un répertoire/dossier (**"Existing Directory"**) ou depuis un gestionnaire de version ("Version Control") (git, svn).
Les nouveaux projets sont de plusieurs types (Analyse : "New Project", Développement de package: "R Package" ou d'application Shiny "Shiny Web Application")

## Connection à la version cloud de l'IFB

## Apprendre avec swirl

```R
install.packages("swirl")
library(swirl)
swirl()
```

## Quelques liens utiles

https://openclassrooms.com/fr/courses/4525256-initiez-vous-au-langage-r-pour-analyser-vos-donnees/

http://swcarpentry.github.io/r-novice-inflammation/09-supp-intro-rstudio/index.html

http://swcarpentry.github.io/r-novice-gapminder/01-rstudio-intro/index.html

https://r.developpez.com/tutoriels/introduction-r-et-rstudio/

## Pour aller plus loin 
R For Data Science: https://r4ds.had.co.nz/index.html