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# Ateliers LBBE/PRABI-amsb

BYOD (Bring Your Own Data)

## Calendrier des Ateliers informatiques/bioinformatiques du LBBE/ PRABI-amsb (FR BioEEnvis) 2021-2022:

- 26 Janvier 2021 : **Pour une utilisation maîtrisée et raisonnée des ressources de calcul au laboratoire** (Intervenants: Bruno Spataro (LBBE), Stéphane Delmotte (LBBE))
- 11 mars au 06 avril 2021 : **Initiation à la ligne de commande Linux** (Intervenants: Philippe Veber (LBBE), Bruno Spataro (LBBE), Dominique Guyot (PRABI-amsb), Simon Penel LBBE) https://pveber.pages.in2p3.fr/ateliers-pi/ligne-de-commande.htm
  - 11 Mars : Systèmes d'exploitation	(DG)
  - 15 Mars 14h : Découverte de la ligne de commande (DG)
  - 18 Mars 11h : Les processus (DG)
  - 22 Mars 14h : Permissions	(DG)
  - 25 mars 14h : Les variables d'environnement (PV)
  - 29 mars 14h : Manipuler des fichers tabulés (PV)
  - 2 avril 14h : Substitution de processus (PV)
  - 9 avril 14h : Programmation en bash (PV)
  - 12 avril 14h : Expressions régulières	(SP)
  - 27 avril 11h : Programmation en bash (VP)

- 1er avril 14h : **Initiation à bioconda** (Intervenant : ?)
- 6 avril 13h30 : **Utilisation du cloud**	(Intervenant: Stéphane Delmotte LBBE)

- 21 Octobre 2021 : **Pour une utilisation maîtrisée et raisonnée des ressources de calcul au laboratoire** (Intervenants: Bruno Spataro (LBBE), Stéphane Delmotte (LBBE))
- 29 Novembre 2021 (13h30-15h) : **Initiation à l'alignement de séquences/recherche de similarités à l'aide de BLAST** (Intervenant: **Dominique Guyot** (PRABI-amsb), support: Vincent Navratil (PRABI-amsb))
- 6 Décembre 2021 (13h30-15h, 15h-16h30 BYOD ): **Initiation à la phylogénie moléculaire à l'aide de Seaview 5** (Intervenant **Guy Perrière** LBBE, support: Dominique Guyot, Vincent Navratil (PRABI-amsb))
- 13 Décembre 2021 (13h30-15h; 15h-16h BYOD) : **Initiation à l'utilisation d'iRODS à travers easicmd** (Intervenant : Gautier Debaecker LEHNA,support: Dominique Guyot, Vincent Navratil (PRABI-amsb))



## Idée ateliers dans les tuyaux pour 2022:

Mapping de lectures -> DESeq (Christine Oger)
Base calling Nanopore / Assemblage de novo (Christine Oger, Vincent Navratil)
Prise en main de paraload (Dominique Guyot)
Assemblage de Novo RNA-seq Trinity (Vincent Navratil) - targeted gene assembly
Initiation à R à travers Rstudio (Vincent Navratil) : comme ça ça m'apprend à utiliser un peu RStudio :-)
Initiation au développement d'application Shiny par les nuls (Vincent Navratil) 1h30
Prise en main de l'interface web Hogenom (Simon Penel) -> Banque à façon plus expert ?

Docker (Adil Elfilali, Stéphane Delmotte)

Invitation en fonction de la crise sanitaire (Metexplore etc...)