Commit 072ed6bc authored by NAVRATIL VINCENT's avatar NAVRATIL VINCENT
Browse files

Update README.md

parent 6249422c
......@@ -12,6 +12,7 @@ appear in your scientific publications by including the following sentence:
## Prérequis:
* Lecture de la Charte des utilisateurs du CC LBBE/PRABI-amsb (http://amsb.prabi.fr/charte_utilisateur_cluster_04022019.pdf)
* Formation aux bonnes pratiques d'utilisationn des ressources mutualisées (cluster, cloud, iRODS)
* Un compte sur l'infrastructure mutualisée LBBE/PRABI-AMSB (contact: contact@prabi.fr pour les utilisateurs hors LBBE)
* Un compte sur le CCin2p3 (contact: Simon Penel (LBBE, Tristan Lefebure (LEHNA)))
......@@ -21,10 +22,12 @@ appear in your scientific publications by including the following sentence:
iRODS (integrated Rule-Oriented Data System) est un système de virtualisation du stockage. Ce système permet un accès transparent aux données réparties sur différents sites et sur des supports hétérogènes (systèmes de fichiers sur disque, bases de données, systèmes de bandes, etc.).
Les utilisateurs de l'infrastructure mutualisée LBBE/PRABI-amsb ont la possibilité de stocker leur données sur le système iRODS administré par le PI du LBBE et/ou sur celui administré par le ccin2p3.
Les utilisateurs de l'infrastructure mutualisée LBBE/PRABI-amsb ont la possibilité de stocker leurs données sur le système iRODS administré par le PI du LBBE et/ou sur celui administré par le CC-IN2P3.
# iCommand
L'accès au serveur iRODS se fait généralement à travers l'utilisation des `iCommand`. On retrouve les commandes de base Linux (cd, chmod, ls, pwd) préfixées par la lettre 'i'.
|iCommand|Description|
|:------:|:-------------------------------------------------------------------------:|
|icd |Change le répertoire de travail|
......@@ -42,35 +45,65 @@ Les utilisateurs de l'infrastructure mutualisée LBBE/PRABI-amsb ont la possibil
# easicmd (by Gautier Debaecker, LEHNA)
https://github.com/sigau/easy_irods_commands
Ce client est une extension des Icommand de base avec gestion de l'autocomplétion.
Ce client est un wrapper des `iCommand` de base avec notemment la gestion de l'autocomplétion et l'automatisation de l'ajout de metadata en batch. https://github.com/sigau/easy_irods_commands
# iRODS du cc LBBE/PRABI-AMSB
# iRODS du CC LBBE/PRABI-AMSB
Un système iRODS est proposé par le CC mutualisé LBBE/PRABI-amsb pour un stockage dit "froid" et à moyen terme des données en complément du système de stockage "tiède" sous `/beegfs`. Les données sous `/beefs/data/<user_account>` n'étant pas sauveguardées (voir <a href="https://gitlab.in2p3.fr/vincent.navratil/training-prabi/-/blob/master/handson-slurm/README.md" target="_blank">atelier slurm</a>), l'utilisation du système iRODS est indispensable pour assurer la pérénité à court de vos données par exemple lors d'un projet de calcul sur le cluster.
Un service iRODS est proposé par le CC mutualisé LBBE/PRABI-amsb pour un stockage dit "froid" et à moyen terme des données en complément du système de stockage "tiède" sous `/beegfs/data`. Les données sous `/beefs/data/<user_account>` n'étant pas sauveguardées (voir <a href="https://gitlab.in2p3.fr/vincent.navratil/training-prabi/-/blob/master/handson-slurm/README.md" target="_blank">atelier slurm</a>), l'utilisation du système iRODS est indispensable pour assurer la pérénité à court terme de vos données par exemple lors d'un projet de calcul sur le cluster et avant/en complément de l'archivage de données sous les archives publiques (ENA, SRA).
La capacité de stockage sous les système iRODS du CC LBBE/PARBI-AMSB est actuellement de **360 To.**
Si vous souhaitez faire un transfert depuis votre ordinateur (machine exterieur à l'infrastructure), il vous faudra installer un client iRODS (Icommand ou autre). Suivre les très bonnes indications fournies par le ccin2p3 (https://doc.cc.in2p3.fr/fr/Data-storage/distributed-storage/irods.html#client-irods).
Le service iRODS est accessible depuis le serveur `pbil-deb`, le client étant déjà installé il vous suffit de créer un répertoire `~/.irods/` dans votre home et de lancer la _**iCommand**_ `iinit` dans votre terminal. Pour accéder à `pbil-deb`, il vous faudra soit vous connecter en VPN sur le réseau UCBL (http://cisr.fr/?vpn.html) soit passer par la passerelle `pbil-gates` (accessible depuis le réseau publique).
## Etape 1: Connection à la passerelle `pbil-gates` - `pbil-deb` :
```
#localhost ssh login@pbil-gates.univ-lyon1.fr
#pbil-gates ssh login@pbil-deb.univ-lyon1.fr
```
Depuis pbil-gates, le client étant déjà installé il vous suffit de créer un répertoire `~/.irods/` dans votre home et de lancer la _**iCommand**_ `iinit` dans votre terminal:
### Etape 2: Initialisation de son compte i-RODS
```
iinit
Enter your current PAM password:
ils
#tester la copie d'un fichier sous iRODS
iput /etc/irods/irods_environment.json
ils
```
Vous aurez besoin d'un certain nombre d'informations concernant le serveur iRODS:
````
```
irods_host =lbbe-irods-local
irods_port = 1247
irods_zone_name= lbbeZone
````
```
Un fichier de configuration `irods_environment.json` dans le répertoire `~/.irods/` sera crée que vous pourez aisément éditer manuellement si besoin.
### Etape 2-bis: Initialisation de son compte i-RODS
```
#crée le répertoire de configuration irods
mkdir ~/.irods
#copie du fichier template de configuration de l'environnement irods au format json
cp /etc/irods/irods_environment.json ~/.irods/
#initialisation de son compte iRODS
iinit
Enter your current PAM password:
Un fichier de configuration `irods_environment.json` dans le répertoire `~/.irods/` sera crée que vous pourez aisément éditer manuellement si besoin.
ils
#tester la copie d'un fichier sous iRODS
iput /etc/irods/irods_environment.json
ils
```
# iRODS du ccin2p3
......@@ -83,6 +116,8 @@ Si vous souhaitez créer un compte contacter les Cezars/correspondant des labora
cezar pour le LBBE et de la FR BioEEnvis (Simon Penel)
cezar pour le LEHNA (Tristan Lefebure)
Si vous souhaitez faire un transfert depuis votre ordinateur, il vous faudra installer un client iRODS (Icommand ou autre). Suivre les très bonnes indications fournies par le ccin2p3 (https://doc.cc.in2p3.fr/fr/Data-storage/distributed-storage/irods.html#client-irods).
## Références
https://irods.org/
......
Markdown is supported
0% or .
You are about to add 0 people to the discussion. Proceed with caution.
Finish editing this message first!
Please register or to comment