Commit 13317ce1 authored by NAVRATIL VINCENT's avatar NAVRATIL VINCENT
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# Initiation à R à l'aide de Rstudio
<a href="https://rstudio.com"><img src="https://d33wubrfki0l68.cloudfront.net/62bcc8535a06077094ca3c29c383e37ad7334311/a263f/assets/img/logo.svg" width=200px></a>
# Prérequis
## Prérequis
- pas de connaissance de base sur les lignes de commandes et R
# Pour les fayots qui veulent prendre de l'avance en R en totale autonomie !
## Pour les fayots qui veulent prendre de l'avance en R en totale autonomie !
## Selection de sites webs, blog
### Selection de sites webs, blog
https://www.r-project.org/
https://thinkr.fr/
......@@ -19,11 +21,11 @@ https://swcarpentry.github.io/r-novice-inflammation/
https://larmarange.github.io/analyse-R/
## webinars RStudio
### webinars RStudio
https://www.rstudio.com/resources/webinars/
## Apprendre R avec swirl
### Apprendre R avec swirl
```R
> install.packages("swirl")
......@@ -31,8 +33,6 @@ https://www.rstudio.com/resources/webinars/
> swirl()
```
# Installation et prise en main de l'IDE RStudio
## Objectif de l'atelier
- installer la version desktop de RStudio
......@@ -40,7 +40,9 @@ https://www.rstudio.com/resources/webinars/
- créer un projet RStudio
- savoir où et comment sauveguarder les historiques, les objets R
## Qu'est ce que R ?
## Installation et prise en main de l'IDE RStudio
### Qu'est ce que R ?
- https://www.r-project.org/
- un environnement logiciel open-source pour les calculs scientifiques et les graphiques.
......@@ -50,7 +52,7 @@ https://www.rstudio.com/resources/webinars/
- the Comprehensive R Archive Network (CRAN)
- un souffle nouveau avec l'univers tidyverse de la team RStudio et la pédagogie tidyverse first
## Pourquoi utiliser l'IDE RStudio ?
### Pourquoi utiliser l'IDE RStudio ?
- https://www.rstudio.com/
- IDE (Integrated Development Environnment)
......@@ -61,7 +63,7 @@ https://www.rstudio.com/resources/webinars/
- plus convivial que la console R pour débuter, plus facile à apprendre que Emacs, plus facile à installer que Eclipse ...
- développement actif de la Rstudio team
## Installation de la version Desktop de RStudio
### Installation de la version Desktop de RStudio
RStudio nécessite l'installation d'une version récente de R (http://cran.r-project.org).
......@@ -78,11 +80,11 @@ Puis installer RStudio depuis rstudio.com (https://rstudio.com/products/rstudio/
export RSTUDIO_WHICH_R=/usr/local/bin/R
```
## Premiers pas avec RStudio
### Premiers pas avec RStudio
Une fois installée lancer RStudio.
### Notion d'Espace de travail (Workspace)
#### Notion d'Espace de travail (Workspace)
Au lancement de RStudio, R est lancé:
>>>
......@@ -93,7 +95,7 @@ Au lancement de RStudio, R est lancé:
- Il y a la possibilité d'utiliser la commande `save.image()` ou `save()` en cours de session pour sauveguarder respectivement tout ou une partie des objets de la session dans un fichier au foramt **.RData**. Il y a la possibilité de recharger ce fichier à l'aide de la fonction `load()`
>>>
### Création de Projets sous RStudio
#### Création de Projets sous RStudio
RStudio peut créer un nouveau projet (**"New Directory"**) ou importer un projet existant depuis un répertoire/dossier (**"Existing Directory"**) ou depuis un gestionnaire de version (**"Version Control"**) (git, svn).
Les nouveaux projets sont de plusieurs types (Analyse : **"New Project"**, Développement de packages: **"R Package"** ou d'application Shiny **"Shiny Web Application"**)
......@@ -101,7 +103,7 @@ Les nouveaux projets sont de plusieurs types (Analyse : **"New Project"**, Déve
- Possibilité de créer un dépôt **git** associé ("Create a git repository")
- Possibilité d'utiliser un gestionnaire de package **Packrat** ("Use packrat with this project") http://rstudio.github.io/packrat/rstudio.html
### Préférences de RStudio
#### Préférences de RStudio
En cliquant sur l'onglet RStudio>preferences nous avons accès aux options paramétrables de RStudio.
......@@ -109,7 +111,7 @@ En cliquant sur l'onglet RStudio>preferences nous avons accès aux options param
https://raw.githubusercontent.com/rstudio/cheatsheets/master/rstudio-ide.pdf
## Support de l'atelier
## Références
### Livres
![Getting started with RStudio](https://learning.oreilly.com/library/cover/9781449314798/250w/)
......@@ -120,25 +122,19 @@ http://swcarpentry.github.io/r-novice-gapminder/01-rstudio-intro/index.html
https://r.developpez.com/tutoriels/introduction-r-et-rstudio/
https://biostat2.uni.lu/lectures.html
http://perso.ens-lyon.fr/lise.vaudor/grimoire/
https://openclassrooms.com/fr/courses/4525256-initiez-vous-au-langage-r-pour-analyser-vos-donnees/
## Prise en main de RStudio sur le cloud
# Prise en main de RStudio sur le cloud
# Prise en main de R sous RStudio
## Prise en main de R sous RStudio
Le **package base** de R est constitué d'un ensemble de fonctions et de données installés par défaut.
## R cheatsheets
### R cheatsheets
Apprendre le langage R c'est connaitre un certain nombre de fonctions, opérateurs, objets et les faires intéragire.
https://raw.githubusercontent.com/rstudio/cheatsheets/master/base-r.pdf
## Les Iris de Fisher - https://fr.wikipedia.org/wiki/Iris_de_Fisher
### Les Iris de Fisher - https://fr.wikipedia.org/wiki/Iris_de_Fisher
Nous allons utiliser le jeux de données `iris` pour illustrer les différentes fonctionalités de base de R.
......@@ -170,7 +166,7 @@ dim(class)
names(iris)
class(iris$Sepal.Length)
```
## Premières statistiques et graphiques descriptifs
### Premières statistiques et graphiques descriptifs
La fonction générique `summary()` donne un résumé de l'objet passé en paramètre. En ce qui concerne l'objet celà donne les valeures Min/Max,la médianne, la moyenne ainsi que les valeurs des premiers et troisième quartile
......@@ -190,11 +186,11 @@ La fonction graphique `pairs()` donne un représentation sous forme d'une matric
pairs(iris[1:4],col=c("red","blue","green")[iris$Species])
```
# RStudio cheatsheets
## RStudio cheatsheets
https://rstudio.com/resources/cheatsheets/
# Références de la formation
## Références de la formation
https://pbil.univ-lyon1.fr/R/pdf/bs01.pdf
https://rpubs.com/moeransm/intro-iris
......@@ -209,8 +205,13 @@ https://melbournebioinformatics.github.io/r-intro-biologists/intro_r_biologists.
https://swcarpentry.github.io/r-novice-gapminder/
https://biostat2.uni.lu/lectures.html
http://perso.ens-lyon.fr/lise.vaudor/grimoire/
https://openclassrooms.com/fr/courses/4525256-initiez-vous-au-langage-r-pour-analyser-vos-donnees/
# Prochains ateliers
## Prochains ateliers
- Initiation à R à l'aide de tidyverse
- Initiation à Bioconductor
......
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