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title: Initiation à R à travers RStudio
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title: Prise en main de R à travers RStudio
author: Vincent Navratil (vincent.navratil@univ-lyon1.fr)
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[[_TOC_]]
<a href="https://rstudio.com"><img src="https://d33wubrfki0l68.cloudfront.net/62bcc8535a06077094ca3c29c383e37ad7334311/a263f/assets/img/logo.svg" width=200px></a>
## Prérequis
# Prérequis
- pas de connaissance de base sur les lignes de commandes et R
# Séance 1 - Prise en main de l'IDE RStudio (1h)
# Séance 1 - Prise en main de l'IDE RStudio
## Objectif de l'atelier
- installer la version desktop de RStudio
......@@ -61,11 +64,13 @@ Une fois installée lancer RStudio.
### Notion d'Espace de travail (Workspace)
Au lancement de RStudio, R est lancé:
> - Le programme R est lancé dans le répertoire courant (**working directory** - wd)
> - Si présentes, les commandes dans le fichier **.Rprofile** sont executées
> - Si présentes les données dans le fichier **.Rdata** sont chargées
> - En quitant (à l'aide de la commande `quit()`), l'utilisateur peut sauvegarder son espace de travail en répondant "yes" à la question "Save workspace image ?" (les données stockées dans les **objets R** seront écrites dans le **.RData**, les commandes dans le fichier **.Rhistory**)
> - Il y a la possibilité d'utiliser la commande `save.image()` ou `save()` en cours de session pour sauveguarder respectivement tout ou une partie des objets de la session dans un fichier au foramt **.RData**. Il y a la possibilité de recharger ce fichier à l'aide de la fonction `load()`
>>>
- Le programme R est lancé dans le répertoire courant (**working directory** - wd)
- Si présentes, les commandes dans le fichier **.Rprofile** sont executées
- Si présentes les données dans le fichier **.Rdata** sont chargées
- En quitant (à l'aide de la commande `quit()`), l'utilisateur peut sauvegarder son espace de travail en répondant "yes" à la question "Save workspace image ?" (les données stockées dans les **objets R** seront écrites dans le **.RData**, les commandes dans le fichier **.Rhistory**)
- Il y a la possibilité d'utiliser la commande `save.image()` ou `save()` en cours de session pour sauveguarder respectivement tout ou une partie des objets de la session dans un fichier au foramt **.RData**. Il y a la possibilité de recharger ce fichier à l'aide de la fonction `load()`
>>>
### Création de Projets sous RStudio
......@@ -87,9 +92,12 @@ http://swcarpentry.github.io/r-novice-gapminder/01-rstudio-intro/index.html
https://r.developpez.com/tutoriels/introduction-r-et-rstudio/
# Séance 1-bis - Utiliser RStudio server sur le cloud (1h)
# Séance 2 - Initiation à R sous RStudio (1h)
# RStudio cheatsheets
https://raw.githubusercontent.com/rstudio/cheatsheets/master/rstudio-ide.pdf
# Séance 2 - Prise en main de R sous RStudio
Le **package base** de R est constitué d'un ensemble de fonctions et de données installés par défaut.
......@@ -144,19 +152,22 @@ La fonction graphique `pairs()` donne un représentation sous forme d'une matric
pairs(iris[1:4],col=c("red","blue","green")[iris$Species])
```
## R cheatsheets
## data.frame, vector, list, factor, matrix
https://raw.githubusercontent.com/rstudio/cheatsheets/master/base-r.pdf
Le langage R utilise des objets pour manipuler les données qui peuvent être de plusieurs classes.
# Séance 1-bis - Prise en main de RStudio sur le cloud
- l'objet de classe `data.frame` permet de créer une liste de vecteur de
## Références de la formation
# Références de la formation
https://pbil.univ-lyon1.fr/R/pdf/bs01.pdf
https://rpubs.com/moeransm/intro-iris
https://github.com/hbctraining/Intro-to-R/blob/master/schedules/1.5-day.md
http://adv-r.had.co.nz/
# R cheatsheets
https://rstudio.com/resources/cheatsheets/
## Apprendre R avec swirl
```R
......@@ -168,7 +179,7 @@ http://adv-r.had.co.nz/
## Pour aller plus loin
R For Data Science: https://r4ds.had.co.nz/index.html
## Prochains thèmes
# Prochains thèmes
Initiation à Bioconductor
Initiation à tidyverse
Initiation à RPostgreSQL
......
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