Commit 3f43b0e0 authored by NAVRATIL VINCENT's avatar NAVRATIL VINCENT
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# Initiation à R à l'aide de Rstudio
# Prise en main de R à l'aide de RStudio
contact@prabi.fr
......@@ -9,6 +9,7 @@ If you use the computing resources of LBBE / PRABI, thank you to make it
appear in your scientific publications by including the following sentence:
"This work was performed using the computing facilities of the CC LBBE/PRABI."
```
<a href="https://rstudio.com"><img src="https://d33wubrfki0l68.cloudfront.net/62bcc8535a06077094ca3c29c383e37ad7334311/a263f/assets/img/logo.svg" width=200px></a>
## Prérequis
......@@ -19,6 +20,7 @@ appear in your scientific publications by including the following sentence:
- https://learnr-examples.shinyapps.io/ex-setup-r/#section-welcome
## Pour les fayots qui veulent prendre de l'avance en R en totale autonomie !
### Selection de sites webs, blog
......@@ -53,13 +55,13 @@ learnr::run_tutorial("ex-setup-r","learnr")
## Objectif de l'atelier
- installer la version desktop de RStudio
- installer R et la version desktop de RStudio
- utiliser les principales fonctionnalités des panneaux de RStudio (édition, console, navigateurs)
- créer un projet RStudio
- savoir où et comment sauveguarder les historiques, les objets R
- lire et utiliser un R Notebook
## Installation et prise en main de l'IDE RStudio
## Installation de R et prise en main de l'IDE RStudio
### Qu'est ce que R ?
......@@ -67,7 +69,7 @@ learnr::run_tutorial("ex-setup-r","learnr")
- un environnement logiciel open-source pour les calculs scientifiques et les graphiques.
- disponibles pour Windows, Mac OS X et plusieurs plateformes UNIX (incluant Linux) sous forme de binaires (compilés)
- développé par Robert Gentleman and Ross Ihaka et la R’s core development team
- un langage de programmation (de script) interprété + add-on package (13000)
- un langage de programmation (de script) interprété + add-on packages (13000)
- the Comprehensive R Archive Network (CRAN)
- un souffle nouveau avec l'univers tidyverse de la team RStudio et la pédagogie tidyverse first
......@@ -77,12 +79,15 @@ learnr::run_tutorial("ex-setup-r","learnr")
- IDE (Integrated Development Environnment)
- facilite l'écriture le développement de programme et de fonctions dans un environnement intégré
- projet open-source, multi-plateformes (Windows, Mac Os X, UNIX)
- mode standalone (Desktop Rstudio) ou serveur (à travers un naviguateur web, RStudio server)
- mode standalone (Desktop Rstudio), cloud (RStudio Cloud) ou serveur (à travers un naviguateur web, RStudio server)
- organisé sous forme de 4 panneaux (éditeur de code source, console+terminal, navigateur d'objets/historiques, navigateurs de fichiers/graphiques/packages/aide)
- plus convivial que la console R pour débuter, plus facile à apprendre que Emacs, plus facile à installer que Eclipse ...
- développement actif de la Rstudio team
### Installation de la version Desktop de RStudio
### Installation de de R et de la version Desktop de RStudio
Laissez vous guider par l'application shiny du package `learnr` :
- https://learnr-examples.shinyapps.io/ex-setup-r/#section-install-rstudio
RStudio nécessite l'installation d'une version récente de R (http://cran.r-project.org).
......@@ -93,8 +98,9 @@ R
Puis installer RStudio depuis rstudio.com (https://rstudio.com/products/rstudio/download/#download).
> ### Astuce
> **Astuce**
> Utiliser la variable d'environnement `RSTUDIO_WHICH_R` afin de pointer sur une version de R donnée.
```bash
export RSTUDIO_WHICH_R=/usr/local/bin/R
```
......@@ -121,6 +127,7 @@ RStudio peut créer un nouveau projet (**"New Directory"**) ou importer un proj
Les nouveaux projets sont de plusieurs types (Analyse : **"New Project"**, Développement de packages: **"R Package"** ou d'application Shiny **"Shiny Web Application"**)
- Possibilité de créer un dépôt **git** associé ("Create a git repository")
- Possibilité d'utiliser un gestionnaire de package **Packrat** ("Use packrat with this project") http://rstudio.github.io/packrat/rstudio.html
#### Préférences de RStudio
......
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