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handson-rstudio/README.md

-# Initiation à R à l'aide de Rstudio
+# Prise en main de R à l'aide de RStudio
 
 contact@prabi.fr
 
@@ -9,6 +9,7 @@ If you use the computing resources of LBBE / PRABI, thank you to make it
 appear in your scientific publications by including the following sentence:
 "This work was performed using the computing facilities of the CC LBBE/PRABI."
 ```
+
 <a href="https://rstudio.com"><img src="https://d33wubrfki0l68.cloudfront.net/62bcc8535a06077094ca3c29c383e37ad7334311/a263f/assets/img/logo.svg" width=200px></a>
 
 ## Prérequis
@@ -19,6 +20,7 @@ appear in your scientific publications by including the following sentence:
 
 - https://learnr-examples.shinyapps.io/ex-setup-r/#section-welcome
 
+
 ## Pour les fayots qui veulent prendre de l'avance en R en totale autonomie !
 
 ### Selection de sites webs, blog
@@ -53,13 +55,13 @@ learnr::run_tutorial("ex-setup-r","learnr")
 
 ## Objectif de l'atelier
 
-- installer la version desktop de RStudio
+- installer R et la version desktop de RStudio
 - utiliser les principales fonctionnalités des panneaux de RStudio (édition, console, navigateurs)
 - créer un projet RStudio
 - savoir où et comment sauveguarder les historiques, les objets R
 - lire et utiliser un R Notebook
 
-## Installation et prise en main de l'IDE RStudio
+## Installation de R et prise en main de l'IDE RStudio
 
 ### Qu'est ce que R ?
 
@@ -67,7 +69,7 @@ learnr::run_tutorial("ex-setup-r","learnr")
 - un environnement logiciel open-source pour les calculs scientifiques et les graphiques.
 - disponibles pour Windows, Mac OS X et plusieurs plateformes UNIX (incluant Linux) sous forme de binaires (compilés)
 - développé par Robert Gentleman and Ross Ihaka et la R’s core development team
-- un langage de programmation (de script) interprété + add-on package (13000)
+- un langage de programmation (de script) interprété + add-on packages (13000)
 - the Comprehensive R Archive Network (CRAN)
 - un souffle nouveau avec l'univers tidyverse de la team RStudio et la pédagogie tidyverse first
 
@@ -77,12 +79,15 @@ learnr::run_tutorial("ex-setup-r","learnr")
 - IDE (Integrated Development Environnment)
 - facilite l'écriture le développement de programme et de fonctions dans un environnement intégré
 - projet open-source, multi-plateformes (Windows, Mac Os X, UNIX)
-- mode standalone (Desktop Rstudio) ou serveur (à travers un naviguateur web, RStudio server)
+- mode standalone (Desktop Rstudio), cloud (RStudio Cloud) ou serveur (à travers un naviguateur web, RStudio server)
 - organisé sous forme de 4 panneaux (éditeur de code source, console+terminal, navigateur d'objets/historiques, navigateurs de fichiers/graphiques/packages/aide)
 - plus convivial que la console R pour débuter, plus facile à apprendre que Emacs, plus facile à installer que Eclipse ...
 - développement actif de la Rstudio team
 
-### Installation de la version Desktop de RStudio
+### Installation de de R et de la version Desktop de RStudio
+
+Laissez vous guider par l'application shiny du package `learnr` :
+- https://learnr-examples.shinyapps.io/ex-setup-r/#section-install-rstudio
 
 RStudio nécessite l'installation d'une version récente de R (http://cran.r-project.org).
 
@@ -93,8 +98,9 @@ R
 
 Puis installer RStudio depuis rstudio.com (https://rstudio.com/products/rstudio/download/#download).
 
-> ### Astuce
+> **Astuce**
 > Utiliser la variable d'environnement `RSTUDIO_WHICH_R` afin de  pointer sur une version de R donnée.
+
 ```bash
 export RSTUDIO_WHICH_R=/usr/local/bin/R
 ```
@@ -121,6 +127,7 @@ RStudio peut créer un nouveau projet (**"New  Directory"**) ou importer un proj
 Les nouveaux projets sont de plusieurs types (Analyse : **"New Project"**, Développement de packages: **"R Package"** ou d'application Shiny **"Shiny Web Application"**)
 
 - Possibilité de créer un dépôt **git** associé ("Create a git repository")
+
 - Possibilité d'utiliser un gestionnaire de package **Packrat** ("Use packrat with this project") http://rstudio.github.io/packrat/rstudio.html
 
 #### Préférences de RStudio