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......@@ -4,8 +4,18 @@ BYOD (Bring Your Own Data)
## Calendrier des Ateliers informatiques/bioinformatiques du LBBE/ PRABI-amsb (FR BioEEnvis) 2021-2022:
- 26 Janvier 2021 : **Pour une utilisation maîtrisée et raisonnée des ressources de calcul au laboratoire** (Intervenants: Bruno Spataro (LBBE), Stéphane Delmotte (LBBE))
- 11 mars au 06 avril 2021 : **Initiation à la ligne de commande Linux** (Intervenants: Philippe Veber (LBBE), Bruno Spataro (LBBE), Dominique Guyot (PRABI-amsb), Simon Penel LBBE) https://pveber.pages.in2p3.fr/ateliers-pi/ligne-de-commande.htm
Bruno Spataro (LBBE)
Stéphane Delmotte (LBBE)
Philippe Veber (LBBE)
Dominique Guyot (PRABI-amsb)
Simon Penel (LBBE)
Vincent Navratil (PRABI-amsb)
Guy Perrière LBBE
Christine Oger (PRABI-amsb)
Gautier Debaecker (LEHNA)
- 26 Janvier 2021 : **Pour une utilisation maîtrisée et raisonnée des ressources de calcul au laboratoire** (Intervenants: BS, SD
- 11 mars au 06 avril 2021 : **Initiation à la ligne de commande Linux** (Intervenants: PV, BS, DG, SP) https://pveber.pages.in2p3.fr/ateliers-pi/ligne-de-commande.htm
- 11 Mars : Systèmes d'exploitation (DG)
- 15 Mars 14h : Découverte de la ligne de commande (DG)
- 18 Mars 11h : Les processus (DG)
......@@ -18,26 +28,27 @@ BYOD (Bring Your Own Data)
- 27 avril 11h : Programmation en bash (VP)
- 1er avril 14h : **Initiation à bioconda** (Intervenant : ?)
- 6 avril 13h30 : **Utilisation du cloud** (Intervenant: Stéphane Delmotte LBBE)
- 6 avril 13h30 : **Utilisation du cloud** (Intervenant: SD)
- 21 Octobre 2021 : **Pour une utilisation maîtrisée et raisonnée des ressources de calcul au laboratoire** (Intervenants: Bruno Spataro (LBBE), Stéphane Delmotte (LBBE))
- 29 Novembre 2021 (13h30-15h) : **Initiation à l'alignement de séquences/recherche de similarités à l'aide de BLAST** (Intervenant: **Dominique Guyot** (PRABI-amsb), support: Vincent Navratil (PRABI-amsb))
- 6 Décembre 2021 (13h30-15h, 15h-16h30 BYOD ): **Initiation à la phylogénie moléculaire à l'aide de Seaview 5** (Intervenant **Guy Perrière** LBBE, support: Dominique Guyot, Vincent Navratil (PRABI-amsb))
- 13 Décembre 2021 (13h30-15h; 15h-16h BYOD) : **Initiation à l'utilisation d'iRODS à travers easicmd** (Intervenant : Gautier Debaecker LEHNA,support: Dominique Guyot, Vincent Navratil (PRABI-amsb))
- 21 Octobre 2021 : **Pour une utilisation maîtrisée et raisonnée des ressources de calcul au laboratoire** (Intervenants: BS, SD)
- 29 Novembre 2021 (13h30-15h) : **Initiation à l'alignement de séquences/recherche de similarités à l'aide de BLAST** (Intervenant: **Dominique Guyot** (PRABI-amsb), support: VN)
- 6 Décembre 2021 (13h30-15h, 15h-16h30 BYOD): **Initiation à la phylogénie moléculaire à l'aide de Seaview 5** (Intervenant: GP, support: DG, Vincent Navratil (PRABI-amsb))
- 13 Décembre 2021 (13h30-15h; 15h-16h BYOD) : **Initiation à l'utilisation d'iRODS à travers easicmd** (Intervenant : GD ,support: DG, VN)
## Idée ateliers dans les tuyaux pour 2022:
Mapping de lectures -> DESeq (Christine Oger)
Base calling Nanopore / Assemblage de novo (Christine Oger, Vincent Navratil)
Prise en main de paraload (Dominique Guyot)
Assemblage de Novo RNA-seq Trinity (Vincent Navratil) - targeted gene assembly
Initiation à R à travers Rstudio (Vincent Navratil) : comme ça ça m'apprend à utiliser un peu RStudio :-)
Initiation au développement d'application Shiny par les nuls (Vincent Navratil) 1h30
Prise en main de l'interface web Hogenom (Simon Penel) -> Banque à façon plus expert ?
- Mapping de lectures -> DESeq (Christine Oger)
- Base calling Nanopore / Assemblage de novo (Christine Oger, Vincent Navratil)
- Prise en main de paraload (Dominique Guyot)
- Assemblage de Novo RNA-seq Trinity (Vincent Navratil) - targeted gene assembly
- Initiation à R à travers Rstudio (Vincent Navratil) : comme ça ça m'apprend à utiliser un peu RStudio :-)
- Initiation au développement d'application Shiny par les nuls (Vincent Navratil) 1h30
- Prise en main de l'interface web Hogenom (Simon Penel) -> Banque à façon plus expert ?
- Docker (Adil Elfilali, Stéphane Delmotte)
Docker (Adil Elfilali, Stéphane Delmotte)
- Invitation en fonction de la crise sanitaire (Metexplore etc...)
Invitation en fonction de la crise sanitaire (Metexplore etc...)
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