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...@@ -40,34 +40,52 @@ BYOD (Bring Your Own Data) ...@@ -40,34 +40,52 @@ BYOD (Bring Your Own Data)
https://github.com/sigau/easy_irods_commands https://github.com/sigau/easy_irods_commands
## Idée ateliers dans les tuyaux pour 2022: ## Idée ateliers dans les tuyaux pour 2022 + recyclage 2020-2021:
Participation au GT foramtion (Christine Oger) Participation au GT formation IFB (Christine Oger)
Possibilité d'organiser une rencontre avec les utilisateurs/étudiants en début d'année pour des idées. Implication des étudiants/doctorants ? - Possibilité d'organiser une rencontre avec les utilisateurs/étudiants en début d'année pour des idées. Implication des étudiants/doctorants ?
- Faire un tour des équipes / propose une rencontre pour leur proposer un créneau pour la promotion de leur logiciel (kissplice, lifemap, etc.)
- Idée de suivre le livre biostar handbook (https://www.biostarhandbook.com/): 100h un chapitre/partie par semaine à lire; pratique en atelier. - Idée de suivre le livre biostar handbook (https://www.biostarhandbook.com/): 100h un chapitre/partie par semaine à lire; pratique en atelier.
- Utiliser le matériel des galaxy training ? - Utiliser le matériel des galaxy training ?
Niveau Ewok ### Niveau Ewok
- Prise en main des services galaxy (usegalaxy, fr, eu, cloud) - Prise en main du cloud Biosphère IFB (SD, machine virtuelle)
- Initiation à R à travers Rstudio (Vincent Navratil) : comme ça ça m'apprend à utiliser un peu RStudio :-) - Prise en main des services galaxy (usegalaxy, fr, eu, cloud)[NEW]
- Initiation à Cytoscape (Vincent Navratil, DG ?) 1h30 - Initiation à R à travers Rstudio (Vincent Navratil) : comme ça ça m'apprend à utiliser un peu RStudio :-) [NEW]
- Prise en main de l'interface web Hogenom (Simon Penel) -> Banque à façon plus expert ? - Initiation à Cytoscape (Vincent Navratil, DG ?) 1h30 [NEW]
- Prise en main de l'interface web Hogenom (SP) -> Banque à façon plus expert ?[NEW]
### Niveau Padawan
#### Programmation
- Initiation aux lignes de commande Linux (PV, DG ?)
- Initiation à Docker/Singularity (AE, SD) [NEW]
- Initiation à Conda (SD)
- Initiation à git ? (PV)
- Initiation à Bioconductor (VN, ?)
- Initiation au développement d'application Shiny (VN) 1h30 [NEW]
#### Outils bioinformatiques (en fonction du niveau sous galaxy ou sous linux)
- Mapping de lectures -> DESeq [NEW] (CO)
- Base calling Nanopore / Assemblage de novo [NEW] (CO)
- Assemblage de Novo RNA-seq Trinity - targeted gene assembly [NEW] (VN) (CAARS - CIRI)
Niveau Padawan #### Phylogénie moléculaire :
- Mapping de lectures -> DESeq (Christine Oger) - BLAST (DG)
- Base calling Nanopore / Assemblage de novo (Christine Oger) - Seaview 5 (GP)
- Assemblage de Novo RNA-seq Trinity (Vincent Navratil) - targeted gene assembly - prospecter LBBE pour autre outils
Niveau Jedi (Inspiré de South Green) #### Niveau Jedi
- Docker/Singularity (Adil Elfilali, Stéphane Delmotte)
- Initiation au développement d'application Shiny par les nuls (Vincent Navratil) 1h30
- Prise en main de paraload (Dominique Guyot)
- Prise en main de paraload (Dominique Guyot) [NEW]
Orientation vers les formations avancées:
Phylogénie moléculaire (CNRS , Guy Perrière, Vincent Daubin)
Bayesien (PV, Nicolas Lartillot).
- Invitation en fonction de la crise sanitaire : - Invitation en fonction de la crise sanitaire :
(Metexplore etc...) (Metexplore etc...)
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