# Ateliers PI LBBE/PRABI-amsb

BYOD (Bring Your Own Data)

## Calendrier des Ateliers informatiques/bioinformatiques du LBBE/ PRABI-amsb (FR BioEEnvis) 2021-2022:

Team de formateurs:
- Philippe Veber (LBBE)
- Bruno Spataro (LBBE)
- Dominique Guyot (PRABI-amsb)
- Stéphane Delmotte (LBBE)
- Simon Penel (LBBE)
- Vincent Navratil (PRABI-amsb)
- Guy Perrière LBBE
- Christine Oger (PRABI-amsb)
- Gautier Debaecker (LEHNA)
- Adil El Filali (LBBE)
- à compléter


- 26 Janvier 2021 : **Pour une utilisation maîtrisée et raisonnée des ressources de calcul au laboratoire** (Intervenants: BS, SD)
- 11 mars au 06 avril 2021 : **Initiation à la ligne de commande Linux** (Intervenants: PV, BS, DG, SP) https://pveber.pages.in2p3.fr/ateliers-pi/ligne-de-commande.htm
  - 11 Mars : Systèmes d'exploitation	(DG)
  - 15 Mars 14h : Découverte de la ligne de commande (DG)
  - 18 Mars 11h : Les processus (DG)
  - 22 Mars 14h : Permissions	(DG)
  - 25 mars 14h : Les variables d'environnement (PV)
  - 29 mars 14h : Manipuler des fichers tabulés (PV)
  - 2 avril 14h : Substitution de processus (PV)
  - 9 avril 14h : Programmation en bash (PV)
  - 12 avril 14h : Expressions régulières	(SP)
  - 27 avril 11h : Programmation en bash (VP)

- 1er avril 14h : **Initiation à bioconda** (Intervenant : SD)
- 6 avril 13h30 : **Utilisation du cloud**	(Intervenant: SD)

- 21 Octobre 2021 : **Pour une utilisation maîtrisée et raisonnée des ressources de calcul au laboratoire** (Intervenants : BS, SD)
- 29 Novembre 2021 (13h30-15h) : **Initiation à l'alignement de séquences/recherche de similarités à l'aide de BLAST** (Intervenant: DG, support: VN)
- 6 Décembre 2021 (13h30-15h, 15h-16h30 BYOD): **Initiation à la phylogénie moléculaire à l'aide de Seaview 5** (Intervenant : GP, support : DG, VN)
- 13 Décembre 2021 (13h30-14h30; 14h30-15h30 BYOD) : **Initiation à l'utilisation d'iRODS à travers easicmd** (Intervenant : GD , support : DG, VN)
https://github.com/sigau/easy_irods_commands


## Idée ateliers dans les tuyaux pour 2022 + recyclage 2020-2021:

Participation au GT formation IFB (Christine Oger) -> Cataton (Catalogue formation IFB)

- Possibilité d'organiser une rencontre avec les utilisateurs/étudiants en début d'année pour des idées. Implication des étudiants/doctorants ?

- Faire un tour des équipes / propose une rencontre pour leur proposer un créneau pour la promotion de leur logiciel (kissplice, lifemap, etc.)

- Idée de suivre le livre biostar handbook (https://www.biostarhandbook.com/): 100h un chapitre/partie par semaine à lire; pratique en atelier.

- Utiliser le matériel des galaxy training ?

- Articulation avec le GT méthodo / NGS ? sur les aspets prise en main d'outils, tutoriels ?

### Niveau Ewok
![](https://img.over-blog-kiwi.com/2/24/01/46/20171122/ob_a0513e_ewok.jpeg)

- Prise en main du cloud Biosphère IFB (SD, machine virtuelle)
- Prise en main des services galaxy (usegalaxy, fr, eu, cloud)[NEW]
- Initiation à R à travers Rstudio (Vincent Navratil) : comme ça ça m'apprend à utiliser un peu RStudio :-) [NEW]
- Initiation à Cytoscape (Vincent Navratil, DG ?) 1h30 [NEW]
- Prise en main de l'interface web Hogenom (SP) -> Banque à façon plus expert ?[NEW]
- ... IGV, Bandage etc...
- Initiation aux formats de données.
- Initiation à l'utilisation des bases de données en bioinformatique. Tour d'horizon

### Niveau Padawan
![](https://img.over-blog-kiwi.com/2/24/01/46/20171215/ob_0783b3_jedi-youngling-0ee1eee6.jpeg)
#### Programmation
- Initiation aux lignes de commande Linux (PV, DG ?)
- Initiation à Docker/Singularity (AE, SD) [NEW]
- Initiation à Conda (SD)
- Initiation à git ? (PV)
- Initiation à Bioconductor (VN, ?)
- Initiation au développement d'application Shiny (VN) 1h30 [NEW]

#### Outils bioinformatiques (en fonction du niveau sous galaxy ou sous linux)
- Mapping de lectures -> DESeq [NEW] (CO) 
- Base calling Nanopore / Assemblage de novo [NEW] (CO) 
- Assemblage de Novo RNA-seq Trinity - targeted gene assembly [NEW] (VN) (CAARS - CIRI)

#### Phylogénie moléculaire :
- BLAST (DG)
- Seaview 5 (GP)
- prospecter LBBE pour autre outils

#### Niveau Jedi
![](https://medias.pourlascience.fr/api/v1/images/view/5a82aa468fe56f22424915c7/width_300/image.jpg)
- Prise en main de paraload (Dominique Guyot) [NEW]

Orientation vers les formations avancées:
Phylogénie moléculaire (CNRS , Guy Perrière, Vincent Daubin)
Bayesien (PV, Nicolas Lartillot).

- Invitation en fonction de la crise sanitaire :
(Metexplore etc...)
https://training.galaxyproject.org/training-material/hall-of-fame/bebatut/ (Une ancienne du LBBE qui dépote en formation)