Commit 6e567d73 authored by Plaszczynski Stephane's avatar Plaszczynski Stephane
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parent 5492ef8f
#!/bin/bash
if [ $# -ne 2 ]; then
echo "usage: parFile Ntir"
exit
fi
HERE=$PWD
cd `dirname $1`
......@@ -8,6 +14,9 @@ cd $HERE
parbase=`basename $1`
declare -i Ntir
Ntir=$2
file=$dirpar/$parbase
dirout=${parbase%".par"}_bf
......@@ -46,12 +55,6 @@ pwd
###################################################
cat > camelrun <<EOBATCH
#!/bin/bash
#$ -N $(basename $(dirname $PWD))_$(basename $PWD)
#$ -l os=sl6
#$ -R y
#$ -j y
#$ -o $PWD
#$ -e $PWD
cd \$TMPDIR
......@@ -61,7 +64,7 @@ echo "NSLOTS=\$NSLOTS"
# copies localeS
cp $CAMELROOT/$CMTCONFIG/Minimize .
cp $CAMELROOT/batch/genrand.awk .
cp $CAMELROOT/batch/awk/genrand.awk .
#
#input file
# enleve lo:w-l
......@@ -95,8 +98,18 @@ cp -f bestfit $OUTDIR/best_fit\${SGE_TASK_ID}
cp -f covmat $OUTDIR/covmat\${SGE_TASK_ID}.dat
EOBATCH
##############################################################################################
if [ -z "${QSUB_CMD}" ] ; then
QSUB_CMD="qsub -P P_$GROUP -pe multicores 8 -q mc_long -R y -j y -l sps=1"
fi
jobsub="${QSUB_CMD} -o $PWD -N $(basename $dirout) -t 1-$Ntir camelrun"
echo "about to run : $jobsub"
echo "OK? [o/n]"
read answer
if [ $answer != 'o' ] ; then
echo "exiting"
exit 1
fi
#####################################################################################################################################
qsub -P P_$GROUP -t 1-5 -pe openmpi_8 8 -l sps=1 -V -q pa_long camelrun
#qsub -P P_$GROUP -t 1-5 -pe multicores 8 -q mc_long -l sps=1 -V camelrun
#####################################################################################################################################
eval $jobsub
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