Snippets Groups Projects

We are currently updating Gitlab. Brace yourselves.

Rename procedure to `get_ori_slice_dir`

GUEZ Lionel authored 5 months ago

Rename procedure `get_slice_dir` to `get_ori_slice_dir`.

20f19aaa

20f19aaa 5 months ago

Name	Last commit	Last update
Common
Convert_Matlab
Inst_eddies
Overlap
Trajectories
.gitignore
.gitmodules
CMakeLists.txt
Doxyfile
LICENSE
LICENSE_fr
README.md
test_write_null.f90

What is it?

This repository contains software to detect and follow oceanic meso-scale eddies. The code implements ideas and methods described in the following articles: Chaigneau et al., 2009; Chaigneau et al., 2011; Pegliasco et al., 2015; Laxenaire et al., 2018.

Context

Ssalto : segment sol multimissions d'altimétrie, d'orbitographie et de localisation précise. Duacs : data unification and altimeter combination system. MADT : maps of absolute dynamic topography and absolute geostrophic velocities. Cf. aussi le glossaire sur le site Aviso.

Données altimétriques AVISO. Un satellite revient tous les sept jours au même endroit. AVISO distribue un champ sur une grille, quotidien, au quart de degré : la hauteur par rapport à l'ellipsoïde (ADT). Au format NetCDF. On cherche des structures de 50 à 200 km de rayon. Vitesse de rotation de l'ordre de 1 m s

^{- 1}

, vitesse du centre de l'ordre de 1 dm s

^{- 1}

. Propriétés de l'eau différentes à l'intérieur et à l'extérieur d'un tourbillon. Agulhas rings créés au sud de l'Afrique et transportés sur des années vers l'Amérique du sud.

Prendre les données globales delayed time gridded absolute dynamic topography (DT-MADT) et delayed time gridded geostrophic velocities anomalies (DT-MSLA-UV).

CMEMS a pris le relais d'AVISO pour la distribution des données.

La norme de la vitesse géostrophique et la composante orthoradiale doivent être à peu près constantes sur une ligne de niveau de la hauteur.

Vue d'ensemble du traitement informatique

Les données sont des champs globaux de SSH, u, v, sur un maillage au quart de degré, quotidiens, sur 29 ans (environ 10

^4

dates). Le traitement informatique fonctionne indépendamment de la résolution du maillage et de la durée considérée mais la résolution et la durée visées orientent les choix de programmation pour un temps d'exécution, une consommation de mémoire vive et des tailles de fichiers produits raisonnables. Les résultats doivent être un ensemble de tourbillons détectés à chaque date et un suivi des tourbillons entre les différentes dates.

Le traitement peut être décomposé en trois parties : détection des tourbillons instantanés ; graphe des recouvrements ; identification des trajectoires.

Installation

Dependencies: graph-tool networkx pyshp f90nml cartopy pygifsicle h5py pynco pygraphviz

If your operating system is Ubuntu 22.04 or more recent, the certificate used by Gitlab will not be accepted by your machine. Therefore you need to deactivate SSL verification when contacting Gitlab:

$ GIT_SSL_NO_VERIFY=true git clone --recurse-submodules \
   https://gitlab.in2p3.fr/ipsl/lmd/dpao/Detection_eddies.git
$ cd Detection_eddies
$ git config http.sslVerify false

Repartition of Fortran files into directories

Since commit 3289c070.

Inst_eddies: May only contain program units which make up the program inst_eddies. If a program unit does not go into inst_eddies, it should not be here. Not all program units going into inst_eddies must be here: some could be in directory Common.
Inst_eddies/Tests: Main programs of unit tests for procedures in directory Inst_eddies. Plus procedures used only in these unit tests.
Overlap: May only contain program units which make up the program eddy_graph. If a program unit does not go into eddy_graph, it should not be here. Not all program units going into eddy_graph must be here: some could be in directory Common.
Overlap/Tests: Main programs of unit tests for procedures in directory Overlap. Plus procedures used only in these unit tests.
Common: Procedures that are used in both programs inst_eddies and eddy_graph.
Common/Tests: Main programs of unit tests for procedures in directory Common. Plus procedures used only in these unit tests. Plus procedures used in unit tests of both Inst_eddies and Overlap directories but not used in either program inst_eddies nor eddy_graph.