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# Utiliser les machines MESU de l'ICS #
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# Working on MESU computers from ISCD
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Les machines sont gérées par l'[institut du calcul et de la simulation (ICS)](http://ics.sorbonne-universites.fr/), sur le réseau de la DSI de l'[UPMC](http://www.upmc.fr).
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Computers are managed by [ISCD (Institut des Sciences du Calcul et des Données — Computing and Data Science Institute)](http://asclepios.dsi.upmc.fr/). They are on the DSI network of [Sorbonne Université](http://www.sorbonne-universite.fr).
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## Informations ##
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## Informations
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* Le [wiki mesu de l'ICS](http://asclepios.dsi.upmc.fr/mesu/index.php/Main_Page)
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* The [mesu wiki of ISCD](http://asclepios.dsi.upmc.fr/mesu/index.php/Main_Page)
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* Le [forum mesu de l'ICS](http://asclepios.dsi.upmc.fr/icsforum/)
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* ~~The [mesu forum of ISCD](http://asclepios.dsi.upmc.fr/icsforum/)~~
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* Pour toute question [mesu@upmc.fr](mailto:mesu@upmc.fr)
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* For any question [mesu@upmc.fr](mailto:mesu@upmc.fr)
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## Les machines MESU en résumé ##
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## MESU computers, a summary
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Pour plus de détail, on consultera le wiki bien entendu.
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For more detailed information, please refer to the wiki of course.
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### Machines ###
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Il y a 5 machines interactives, 3 standard et 2 pour les GPU, nommées `mesu0` à `mesu4`. On préférera utiliser les *alias* respectivement `mesu.dsi.upmc.fr` et `mesugpu.dsi.upmc.fr` pour se connecter.
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Les machines interactives standard ne sont pas là pour le calcul, il faut utiliser PBS pour soumettre les jobs.
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### Machines
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There are 5 interactive machines, 3 standard ones and 2 for GPU, named from `mesu0` to `mesu4`. One should use *alias* to connect to them, respectively `mesu.dsi.upmc.fr` and `mesugpu.dsi.upmc.fr`.
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Physiquement, il y a actuellement 2 machines de calcul :
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Interactive standard machines are not designed for computation, pleaser use PBS to submit computed oriented jobs.
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* `mesu-alpha`, 1024 cœurs, qui est une machine à mémoire partagée de 16 TB
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* `mesu-beta`, 2020 cœurs, qui est une machine à mémoire distribuée de 21 TB, et qui possède également 4 cartes GPU K5200.
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Hormis pour les jobs orientés GPU, les queues des machines sont accessibles par n'importe quelle machine interactive frontale.
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Physically, there are currently 2 computing machines (refer to wiki for updated informations) :
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* `mesu-alpha`, 1024 cores, a 16 TB shared memory machine
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* `mesu-beta`, 2020 cores, a 21 TB distributed memory machine, which owns 4 (four) K5200 GPU boards.
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### Outils ###
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Except for GPU oriented jobs, computing queues are available from any interactive front machine.
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La machine utilise les *modules* pour la configuration de chaque session utilisateur. Pour lister les *modules* disponibles :
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### Tools
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The machine is using *modules* for each user session configuration. To list available *modules* :
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```bash
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```bash
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module avail
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module avail
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```
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```
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## Utilisation pratique pour nos applications au LPNHE ##
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## Practical use for our LPNHE applications\
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### Compilateurs ###
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### Compilers ###
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On peut utiliser les compilateurs GNU ou Intel. Le compilateur GNU est disponible sans configuration particulière. Pour le compilateur Intel, faire par exemple :
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One can use GNU or Intel compilers. The GNU compiler is available without any particular configuration. For the Intel compiler, one should do for example :
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```bash
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```bash
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module load intel-compilers-13
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module load intel-compilers-13
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```
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```
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Pour la suite on définira utilement les variables suivantes :
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From this point, let's usefully define following variables :
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```bash
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```bash
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#COMPILO=gcc4.3.4
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#COMPILO=gcc4.3.4
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COMPILO=icc13.0.1
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COMPILO=icc13.0.1
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SOFTDIR=$HOME/soft
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SOFTDIR=$HOME/soft
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```
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```
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Exemple de lignes d'options de compilation (à adapter en fonction des besoins bien sûr) :
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Example of command line options for compiling (to be adapted according the needs of course) :
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* OpenMP - GNU :
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* OpenMP - GNU :
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```bash
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```bash
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... | @@ -60,20 +61,20 @@ module load mpt |
... | @@ -60,20 +61,20 @@ module load mpt |
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MEMTK/inc -L$LIBMEMTK/lib/$ARCH_TYPE -lMEM -lEG -lmpi -L$HOME/soft/Cuba3.2-icc13
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MEMTK/inc -L$LIBMEMTK/lib/$ARCH_TYPE -lMEM -lEG -lmpi -L$HOME/soft/Cuba3.2-icc13
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.0.1/lib -lcuba go_mpi.cxx
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.0.1/lib -lcuba go_mpi.cxx
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```
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```
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Pour le *profilage* de code, on pourra utiliser les outils SGI comme `perfsuite` disponible dans les *modules*.
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For the code *profiling*, one should use SGI tools like `perfsuite`, available in *modules*.
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### CVMFS ###
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### CVMFS
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L'outil [`cvmfs`](https://cernvm.cern.ch/portal/filesystem) est installé sur les machines MESU. En revanche, à ce jour, il ne semble pas fonctionnel.
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The [`cvmfs`](https://cernvm.cern.ch/portal/filesystem) tool is installed on Mesu machines. On the other hand, nowadays, it does not seem to be fully functional.
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*(à compléter)*
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*(to be completed)*
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### ROOT ###
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### ROOT
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L'outil [`root`](https://root# --- CUBA dep.cern.ch/) n'est pas installé. Il devrait est disponible via `cvmfs`; à défaut, on en trouvera une version dans `/home/beau/soft/root5.34.10-gcc4.3.4` et `root5.34.10-icc13.0.1`, respectivement pour les compilateurs `gcc4.3.4` et `icc13.0.1`.
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The [`root`](https://root# --- CUBA dep.cern.ch/) tool is not installed. It should be available through `cvmfs`; if not, one will find a local version at `/home/beau/soft/root5.34.10-gcc4.3.4` and `root5.34.10-icc13.0.1`, respectively for `gcc4.3.4` and `icc13.0.1` compilers.
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```bash
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```bash
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ROOTVERSION=root5.34.10
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ROOTVERSION=root5.34.10
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. $SOFTDIR/$ROOTVERSION-$COMPILO/bin/thisroot.sh
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. $SOFTDIR/$ROOTVERSION-$COMPILO/bin/thisroot.sh
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```
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```
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### Autres outils ###
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### Other tools ###
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* [`lhapf`](https://lhapdf.hepforge.org/)
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* [`lhapf`](https://lhapdf.hepforge.org/)
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```bash
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```bash
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... | @@ -91,4 +92,4 @@ export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$CUBALIB/lib |
... | @@ -91,4 +92,4 @@ export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$CUBALIB/lib |
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export CUBACORES=0 # i.e. all cores
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export CUBACORES=0 # i.e. all cores
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```
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```
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* [`Task Spooler`](http://vicerveza.homeunix.net/~viric/soft/ts/) : binaire disponible dans `$SOFTDIR/bin`. |
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* [`Task Spooler`](http://vicerveza.homeunix.net/~viric/soft/ts/) : available binary at `$SOFTDIR/bin`. |