Polish

Convert_Matlab/Documentation_texfol/documentation.tex

@@ -35,8 +35,8 @@
 
 Instantaneous eddies with a given orientation are identified in two
 equivalent ways: either by a couple date $d$ and eddy index $e$ at
-that date, or by a unique identifier $n$, which we can call a \og node
-index\fg{}.
+that date, or by a unique integer identifier $n$, which we can call a
+\og node index\fg{}.
 
 For a given date, let $d$ be the corresponding number of days since
 January \nth{1}, 1950. Let $d_\mathrm{init}$ be the value of $d$ for
@@ -104,10 +104,10 @@ suite of processed dates.
   k' = \left \lfloor \frac{n' - 1}{E} \right \rfloor
 \end{equation*}
 The suite of processed dates is stored in the array
-\verb+date_num+. For a given date, from $n'$ we can compute $k'$ and
-$e$, and then $d$ from \verb+date_num[k']+, without any search. But
-the reverse conversion needs a search: from $d$ and $e$, we need to
-search \verb+date_num+ to get $k'$, then $n'$.
+\verb+date_num+. For a given orientation, from $n'$ we can compute
+$k'$ and $e$, and then $d$ from \verb+date_num[k']+, without any
+search. But the reverse conversion needs a search: from $d$ and $e$,
+we need to search \verb+date_num+ to get $k'$, then $n'$.
 
 To convert from $n'$ to $n$, we note that:
 \begin{equation*}
@@ -211,12 +211,12 @@ of the modules you can use is
 \href{https://fiona.readthedocs.io/en/latest/}{Fiona}. Matlab has the
 shaperead function.
 
-Sur le domaine Eurec4A entier (toutes les dates, soit 117 dates), au
+Sur le domaine Eurec4A NRT, toutes les dates (soit 117 dates), au
 total pour les deux orientations, \verb+inst_eddies_v6.py+ prend
 environ 12 mn et produit 3 MiB, pour 2951 tourbillons instantanés.
 
 Sur le domaine global, pour une seule date, \verb+inst_eddies_v6.py+
-prend 25 s (dont environ 21 s de conversion en
+prend 25 s (dont environ 21 s de conversion au format
 v6). \verb+inst_eddies_HDF5.py+ prend 38 s. Il reste le problème du
 stockage intermédiaire pour les fichiers v6. Le fichier produit par
 \verb+inst_eddies.m+ prend environ le quart de l'espace du fichier de
@@ -229,7 +229,7 @@ lui-même et tous les fichiers d'entrée nécessaires dans le répertoire
 courant, où je dois avoir l'autorisation d'écriture. Créer
 éventuellement des liens symboliques. Puis :
 \begin{verbatim}
-matlab -nojvm -r overlap
+matlab -batch overlap
 \end{verbatim}
 
 The data on overlapping instantaneous eddies is in the files
@@ -246,7 +246,7 @@ edge followed by the target node of the edge. A node is identified by
 a node index. Knowledge of the node index is equivalent to knowledge
 of the date and the eddy index. See § \ref{sec:identification}.
 
-Sur le domaine Eurec4A entier (toutes les dates, soit 117 dates), au
+Sur le domaine Eurec4A NRT, toutes les dates (soit 117 dates), au
 total pour les deux orientations. \verb+overlap.m+ prend 0
 mn. \verb+overlap_v6.py+ prend 0 mn et produit 48 KiB, pour 2793
 arêtes.
@@ -268,7 +268,7 @@ identifying number of the trajectory and the value is the
 corresponding list of instantaneous eddies. Here, an instantaneous
 eddy is identified by its node index.
 
-Sur le domaine Eurec4A entier (toutes les dates, soit 117 dates), au
+Sur le domaine Eurec4A NRT, toutes les dates (soit 117 dates), au
 total pour les deux orientations. \verb+survival.m+ prend 0 mn.
 \verb+survival.py+ prend 0 mn et produit 64 KiB pour 2863 n\oe{}uds et
 169 trajectoires.

Inst_eddies/Analysis/plot_eddy_contours.py

@@ -15,7 +15,7 @@ with a distinct max-speed contour.
 With the --light option. Crosses for extrema with a valid outermost
 contour.
 
-This scripts takes about 30 s of CPU for a 90° by 90° window, about 4
+This script takes about 30 s of CPU for a 90° by 90° window, about 4
 mn for a 180° by 180° window.
 
 """
@@ -36,7 +36,9 @@ def in_window(point, window):
     return longit <= urcrnrlon and llcrnrlat <= point[1] <= urcrnrlat
 
 def select_ishapes(d, k1, ishape_last, reader_extr, window = None):
-    """Select ishapes at date d and in window."""
+    """Select ishapes at date d and in window.
+
+    ax should be an instance of GeoAxes."""
     
     assert d >= k1
     
@@ -302,6 +304,7 @@ if __name__ == "__main__":
         if args.window is None: plot_grid_bb(args.shp_coll_dir, ax)
         ishape_list = select_ishapes(d, k1, ishape_last, readers["extremum"],
                                      args.window)
+        if len(ishape_list) == 0: print("No eddy found")
         ax.set_title(f"d = {d}", y = 1.05)
         snapshot(ax, ishape_list, readers, dashed = args.dashed,
                  light = args.light)

Inst_eddies/Documentation_texfol/documentation.tex

@@ -390,8 +390,13 @@ coup sûr les polygones pour 16 ans dans un seul fichier shp, même en
 séparant cyclones et anticyclones. Faire un triplet de shapefiles par
 an ?  Séparer en outre cyclones et anticyclones ?
 
-Les champs interpolated et radius4 sont écrits à titre diagnostic et
-ne sont pas utilisés dans le programme de recouvrement.
+Pour un extremum donné, radius4 est le rayon, en pas de grille, de la
+plus petite croix autour de l'extremum qui déborde le contour
+extérieur. Si un contour extérieur valide n'a pas été trouvé alors
+radius4 est nul. Si un contour extérieur valide a été trouvé alors
+radius4 est $\ge 1$. Les champs interpolated et radius4 sont écrits à
+titre diagnostique et ne sont pas utilisés dans le programme de
+recouvrement.
 
 J'avais d'abord mis la valeur de vitesse dans le fichier
 \verb+max_speed_contour_$m.dbf+ mais cette vitesse peut être associée

Inst_eddies/set_all_outerm.f90

@@ -113,7 +113,9 @@ contains
        s%list_vis(i)%ssh_extr = ssh(s%ind_extr(1, i), s%ind_extr(2, i))
        s%list_vis(i)%cyclone = cyclone(i)
        s%list_vis(i)%interpolated = .false.
+
        s%list_vis(i)%valid = .true.
+       ! must be intialized to true because it is used in nearby_extr
     end forall
 
     ! Double sort of extrema on cyclonicity and SSH value: