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Convert_Matlab/Documentation_texfol/documentation.tex

@@ -46,18 +46,17 @@ the first date of the dataset. We call date index the integer:
 \end{equation*}
 So the first value of $k$ is 0.
 
-Let $e_{\mathrm{max}, o}(k)$ be the number of instantaneous eddies
-with orientation $o$ at date index $k$. $e_{\mathrm{max}, o}(k)$ is
-stored in Matlab variables Nanti and Ncyclo. We assume we know an
-overestimate $E$ of $e_{\mathrm{max}, o}(k)$ for all $k$ and both
-orientations. That is, we guarantee that:
+Let $e_\mathrm{max}(k)$ be the number of instantaneous eddies at date
+index $k$. $e_\mathrm{max}(k)$ is stored in Matlab variables Nanti and
+Ncyclo. We assume we know an overestimate $E$ of $e_\mathrm{max}(k)$
+for all $k$. That is, we guarantee that:
 \begin{equation*}
-  \forall (k, o), e_{\mathrm{max}, o}(k) \le E
+  \forall k, e_\mathrm{max}(k) \le E
 \end{equation*}
 
-The eddy indices $e$ for eddies with orientation $o$ at date index $k$
-start at 1 and increment 1 by 1, without any jump. So they go from 1
-to $e_{\mathrm{max}, o}(k)$.
+The eddy indices $e$ for eddies at date index $k$ start at 1 and
+increment 1 by 1, without any jump. So they go from 1 to
+$e_\mathrm{max}(k)$.
 
 The relation between node index $n$, date index $k$ and eddy index $e$
 is:
@@ -104,10 +103,10 @@ suite of processed dates.
   k' = \left \lfloor \frac{n' - 1}{E} \right \rfloor
 \end{equation*}
 The suite of processed dates is stored in the array
-\verb+date_num+. For a given orientation, from $n'$ we can compute
-$k'$ and $e$, and then $d$ from \verb+date_num[k']+, without any
-search. But the reverse conversion needs a search: from $d$ and $e$,
-we need to search \verb+date_num+ to get $k'$, then $n'$.
+\verb+date_num+. From $n'$ we can compute $k'$ and $e$, and then $d$
+from \verb+date_num[k']+, without any search. But the reverse
+conversion needs a search: from $d$ and $e$, we need to search
+\verb+date_num+ to get $k'$, then $n'$.
 
 To convert from $n'$ to $n$, we note that:
 \begin{equation*}
@@ -118,6 +117,8 @@ and:
   n = n' + (k - k') E
 \end{equation*}
 
+Note that $E$ is specific to a given orientation.
+
 \section{Instantaneous eddies}
 
 The data for instantaneous eddies is stored in shapefiles, in the
@@ -171,25 +172,24 @@ the number of eddies at the date, in the field \verb+eddy_index+.
 
 The file \verb+ishape_last.txt+ in the directory
 \verb+SHPC_(anti|cyclo)+ is used to access directly any instantaneous
-eddy at any date. Let $l_o(k)$ be the shape index in the shapefiles,
-for a given orientation $o$, of the last instantaneous eddy at date
-index $k$:
+eddy at any date. Let $l(k)$ be the shape index in the shapefiles of
+the last instantaneous eddy at date index $k$:
 \begin{equation*}
-  l_o(k) = \sum_{k' = 0} ^k e_{\mathrm{max}, o}(k') - 1
+  l(k) = \sum_{k' = 0} ^k e_\mathrm{max}(k') - 1
 \end{equation*}
 So the shape index $i$ of the eddy with eddy index $e$ at date index $k$ is:
 \begin{equation*}
   i =
   \begin{array}{|ll}
     e - 1 & \mathrm{if}\ k = 0 \\
-    l_o(k - 1) + e & \mathrm{if}\ k \ge 1
+    l(k - 1) + e & \mathrm{if}\ k \ge 1
   \end{array}
 \end{equation*}
 Also, note that, if $k \ge 1$ then:
 \begin{equation*}
-  e_{\mathrm{max}, o}(k) = l(k) - l(k - 1)
+  e_\mathrm{max}(k) = l(k) - l(k - 1)
 \end{equation*}
-\verb+ishape_last.txt+ gives $l_o(k)$ for all $k$.
+\verb+ishape_last.txt+ gives $l(k)$ for all $k$.
 
 Finally, the file \verb+grid_nml.txt+ in the directory
 \verb+SHPC_(anti|cyclo)+ gives (in Fortran namelist format) the grid

Overlap/Documentation_texfol/documentation.tex

@@ -216,11 +216,9 @@ implicite, dans les shapefiles et les fichiers edgelist. En effet, on
 a le nombre de tourbillons valides à chaque date d'après les
 shapefiles, et on a la liste des tourbillons non isolés d'après la
 liste des arcs. Mais la liste des sommets isolés n'est donc pas très
-facilement trouvée. On ajoute par conséquent les fichiers de sortie
-suivants :
+facilement trouvée. On ajoute par conséquent le fichier de sortie
+suivant :
 \begin{description}
-\item[number\_eddies\_\$m.csv] Une colonne indice de date, une colonne
-  nombre de tourbillons visibles.
 \item[isolated\_nodes\_\$m.txt] Sur chaque ligne : indice de date,
   indice de tourbillon. Peut être lu comme une simple liste
   d'adjacence.
@@ -229,14 +227,13 @@ suivants :
 Les entrées-sorties sont dans : l'algorithme principal directement
 (lecture de longitude et latitude), \verb+get_snapshot+ (lecture des
 shapefiles), \verb+write_overlap+ (écriture dans
-\verb+edgelist_$m.txt+, arcs entre $k_b$(m) et
-\verb+k_end_main_loop+(m)), \verb+write_eddy+ (écriture dans
-\verb+extremum+, \verb+outermost_contour+, \verb+max_speed_contour+),
-\verb+dispatch_snapshot+ directement (écriture dans
-\verb+isolated_nodes_$m+,
-\verb+number_eddies_$m+). Les processus écrivent dans des fichiers ou
-répertoires indicés par le numéro de processus donc deux processus ne
-peuvent écrire dans le même fichier. Cf. figure
+\verb+edgelist_$m.txt+, arcs entre
+$k_b$(m) et \verb+k_end_main_loop+(m)), \verb+write_eddy+ (écriture
+dans \verb+extremum+, \verb+outermost_contour+,
+\verb+max_speed_contour+), \verb+dispatch_snapshot+ directement
+(écriture dans \verb+isolated_nodes_$m+). Les processus écrivent dans
+des fichiers ou répertoires indicés par le numéro de processus donc
+deux processus ne peuvent écrire dans le même fichier. Cf. figure
 (\ref{fig:input_output}).
 \begin{figure}[htbp]
   \centering

Overlap/eddy_graph_in.sh

@@ -25,9 +25,7 @@ do
 done
 
 # Sort the edge list for easier comparison between runs:
-
 export LC_NUMERIC=C # for the sort command
-
 sort --key=1 --numeric-sort --output=edgelist.csv edgelist_unsorted.csv
 rm edgelist_unsorted.csv