`delta_in` and `delta_out` in `test_overlap`

Add possiblity of specifying `delta_in` and `delta_out` in program
`test_overlap`.

Analysis/plot_snapshot.py

@@ -29,7 +29,7 @@ import itertools
 import cartopy.crs as ccrs
 from os import path
 
-def snaphot(directory, dashed = False, light = False, new_figure = False):
+def snapshot(directory, dashed = False, light = False, new_figure = False):
     """Plots extrema, outermost contours and max-speed contours.
 
     directory: containing the three shapefiles.
@@ -179,7 +179,7 @@ if __name__ == "__main__":
         ax.plot(lon_2d.reshape(-1), lat_2d.reshape(-1), transform = src_crs,
                 marker = "+", color = "gray", linestyle = "None")
 
-    snaphot(args.directory, args.dashed, args.light)
+    snapshot(args.directory, args.dashed, args.light)
 
     if args.velocity:
         with netCDF4.Dataset("uv.nc") as f:

Documentation_texfol/Graphiques/GNUmakefile

-sources = window processes m3 call_graph input_output degeneracy periodicity copy set_all_outerm overlap
+sources = window processes m3 call_graph input_output degeneracy periodicity copy set_all_outerm overlap 15_3
 
 objects := $(addsuffix .pdf, ${sources})
 

Documentation_texfol/Graphiques/algorithm.py

+#!/usr/bin/env python3
+
+import math
+
+def get_snapshot(k):
+    if m != n_proc and k > k_end - max_delta:
+        print("---------------")
+        print("receive", k)
+    
+def dispatch_snapshot(k):
+    if m != 1 and k < k_begin + max_delta: print("send", k)
+    
+max_delta = 4
+n_dates = 15
+n_proc = 3
+assert n_proc <= n_dates // (max_delta + 1)
+
+for m in range(1, n_proc + 1):
+    print("\nm = ", m)
+    print("prolog")
+    k_begin = 1 + math.floor((m - 1) * n_dates / n_proc)
+
+    if m < n_proc:
+        k_end = math.floor(m * n_dates / n_proc) + max_delta
+        k_end_main_loop = k_end - max_delta + 1
+    else:
+        k_end = n_dates
+        k_end_main_loop = k_end
+
+    print("k_begin =", k_begin)
+    print("k_end_main_loop =", k_end_main_loop)
+    print("k_end =", k_end)
+
+    for k in range(k_begin, k_begin + max_delta + 1):
+        get_snapshot(k)
+
+    for delta in range(1, max_delta + 1):
+        for k in range(k_begin + delta, k_begin + max_delta + 1):
+            print("overlap", k - delta, k)
+
+    print("main loop")
+
+    for k in range(k_begin + max_delta + 1, k_end_main_loop + 1):
+        dispatch_snapshot(k - max_delta - 1)
+        get_snapshot(k)
+
+        for delta in range(1, max_delta + 1):
+            print("overlap", k - delta, k)
+
+    print("epilog")
+
+    for k in range(k_end_main_loop + 1, k_end + 1):
+         dispatch_snapshot(k - max_delta - 1)
+         get_snapshot(k)
+
+         for delta in range(k - k_end + max_delta, max_delta + 1):
+              print("overlap", k - delta, k)
+
+    for j in range(1, max_delta + 2):
+        dispatch_snapshot(k_end - max_delta - 1 + j)

Documentation_texfol/documentation.tex

@@ -995,10 +995,17 @@ overlap.
   \caption[Un morceau d'un graphe de recouvrement]{Un morceau d'un
     graphe de recouvrement. Un tourbillon peut avoir des prédécesseurs
     et des successeurs à différentes distances temporelles. Dans cet
-    exemple, $i_1$ ne peut pas avoir de successeur à distance
-    strictement inférieure à $\delta$. $i_2$ ne peut pas être le
-    successeur de $i'_1$ : le recouvrement de $i_2$ et $i'_1$ n'est
-    pas examiné dans la procédure overlap.}
+    exemple, puisque $(k - \delta, i_1)$ a un successeur $(k, i_2)$
+    enregistré à distance $\delta$ et $(k, i_2)$ un prédécesseur à
+    distance strictement inférieure à $\delta$, c'est qu'on a trouvé
+    que $(k - \delta, i_1)$ n'a pas de successeur à distance
+    strictement inférieure à $\delta$. Puisque $(k, i_2)$ a un
+    prédécesseur à distance strictement inférieure à $\delta$ et
+    $(k - \delta, i'_1)$ un successeur à distance strictement
+    inférieure à $\delta$, $(k, i_2)$ ne peut pas être le successeur
+    de $(k - \delta, i'_1)$ : le recouvrement de $(k, i_2)$ et
+    $(k - \delta, i'_1)$ n'est même pas examiné dans la procédure
+    overlap.}
   \label{fig:overlap}
 \end{figure}
 
@@ -1355,8 +1362,8 @@ Si $m \ge 2$ alors :
   \mathtt{k\_end\_main\_loop}(m - 1) = k_b(m)
 \end{equation*}
 
-Exemples : cf. tableaux (\ref{tab:m2}) et (\ref{tab:m3}) et figure
-(\ref{fig:m3}).
+Exemples : cf. tableaux (\ref{tab:m2}) et (\ref{tab:m3}) et figures
+\ref{fig:m3} et \ref{fig:15_3}.
 \begin{table}[htbp]
   \centering
   \begin{tabular}{llll}
@@ -1395,6 +1402,12 @@ Exemples : cf. tableaux (\ref{tab:m2}) et (\ref{tab:m3}) et figure
     l'algorithme principal.}
   \label{fig:m3}
 \end{figure}
+\begin{figure}[htbp]
+  \centering
+  \includegraphics[width=\textwidth]{15_3}
+  \caption{$\max \delta = 4$, n\_dates = 15, $n_p = 3$}
+  \label{fig:15_3}
+\end{figure}
 
 Le \verb+dispatch_snapshot+ dans la dernière boucle sur j n'est pas
 forcément une écriture. Exemple : $n_p = 2$, $\max \delta = 4$,
@@ -1720,12 +1733,15 @@ longitude de l'extremum i2.
 
 Comment définir les composants \verb+delta_in+ et \verb+delta_out+ ?
 Cf. l'exemple de la figure \ref{fig:overlap}. Lorsqu'on arrive à
-$i'_1$, on ne veut pas tester le recouvrement de $i'_1$ et $i_2$. Il
-faut donc avoir conservé dans \verb+delta_in+ pour $i_2$ la distance
-strictement inférieure à $\delta$. \verb+delta_in+ doit donc contenir
-la distance temporelle minimale à laquelle des prédécesseurs ont été
-trouvés. De même, \verb+delta_out+ doit contenir la distance
-temporelle minimale à laquelle des successeurs ont été trouvés.
+$(k - \delta, i'_1)$, on ne veut pas tester le recouvrement de
+$(k - \delta, i'_1)$ et $(k, i_2)$. Il faut donc avoir conservé dans
+\verb+delta_in+ pour $(k, i_2)$ la distance strictement inférieure à
+$\delta$, même si un recouvrement à déjà été trouvé dans le même appel
+à overlap entre $(k - \delta, i_1)$ et $(k, i_2)$. \verb+delta_in+
+doit donc contenir la distance temporelle minimale à laquelle des
+prédécesseurs ont été trouvés. De même, \verb+delta_out+ doit contenir
+la distance temporelle minimale à laquelle des successeurs ont été
+trouvés. (Commission 7bb46ec.)
 
 \subsubsection{weight}
 

Tests/test_overlap.f90

@@ -75,7 +75,10 @@ program test_overlap
   CALL shpclose(hshp_extremum)
   CALL shpclose(hshp_outermost)
   CALL shpclose(hshp_max_speed)
-  print *, snapshot_1, ", k = ", k
+  print *, snapshot_1, ", k (not used) = ", k
+  print *, "Enter flow(1)%list_vis%delta_out:"
+  read *, flow(1)%list_vis%delta_out
+  print *, flow(1)%list_vis%delta_out
 
   call shp_open_03(hshp_extremum, trim(snapshot_2) // "/extremum", &
        pszaccess = "rb")
@@ -90,6 +93,9 @@ program test_overlap
   CALL shpclose(hshp_outermost)
   CALL shpclose(hshp_max_speed)
   print *, snapshot_2, ", k = ", k
+  print *, "Enter flow(max_delta + 1)%list_vis%delta_in:"
+  read *, flow(max_delta + 1)%list_vis%delta_in
+  print *, flow(max_delta + 1)%list_vis%delta_in
 
   flow(2:max_delta)%number_eddies = 20000
 
@@ -111,11 +117,11 @@ program test_overlap
   close(unit_edgelist)
   print *, 'Created file "edgelist.csv".'
   CALL shpclose(hshp_extremum)
-  print *, 'Created shapefile "Snapshot/extremum".'
+  print *, 'Created shapefile "SHP_triplet/extremum".'
   CALL shpclose(hshp_outermost)
-  print *, 'Created shapefile "Snapshot/outermost_contour".'
+  print *, 'Created shapefile "SHP_triplet/outermost_contour".'
   CALL shpclose(hshp_max_speed)
-  print *, 'Created shapefile "Snapshot/max_speed_contour".'
+  print *, 'Created shapefile "SHP_triplet/max_speed_contour".'
 
   print *, snapshot_1, ":"
   print *, "Valid isolated eddies:"

get_snapshot.f90

@@ -7,8 +7,6 @@ contains
   subroutine get_snapshot(s, m, n_proc, k_end, max_delta, nlon, nlat, k, &
        corner, step, periodic)
 
-    use, intrinsic:: ieee_arithmetic, only: ieee_value, IEEE_QUIET_NAN
-
     ! Libraries:
     use shapelib, only: shpfileobject, shpclose
     use shapelib_03, only: shp_open_03

overlap.f90

@@ -33,7 +33,7 @@ contains
 
     integer, intent(in):: dist_lim
     ! We look for an overlapping eddy at dist_lim (in grid points) of
-    ! the first extremum.
+    ! the extremum of a given eddy.
 
     ! Triplet of shapefiles to which any interpolated eddy will be written:
     
@@ -96,7 +96,7 @@ contains
 
           DO l = 1, n_select
              i2 = selection(l)
-             ! assertion {flow(j - delta)%list_vis(i1)%delta_out >=
+             ! Assertion: {flow(j - delta)%list_vis(i1)%delta_out >=
              ! delta .or. flow(j)%list_vis(i2)%delta_in >= delta}
              polyline_2 = merge(flow(j)%list_vis(i2)%speed_cont%polyline, &
                   flow(j)%list_vis(i2)%out_cont%polyline, &
@@ -118,8 +118,8 @@ contains
                 if (spher_polygon_area(res_pol) >= 0.25 &
                      * min(spher_polyline_area(polyline_1), &
                      spher_polyline_area(polyline_2))) then
-                   ! Count one more fictitious eddy between j - delta
-                   ! + 1 and j - 1:
+                   ! Count one more fictitious eddy for all dates
+                   ! between j - delta + 1 and j - 1:
                    flow(j - delta + 1:j - 1)%number_eddies &
                         = flow(j - delta + 1:j - 1)%number_eddies + 1