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Inst_eddies/Documentation_texfol/documentation.tex

@@ -102,8 +102,8 @@ anticyclones, les extremums sont triés par ordre de SSH croissante.
 Cf. algorithme \ref{alg:principal}.
 \begin{algorithm}
   \begin{algorithmic}
-    \STATE entrer(corner, step, ssh, u, v)
-    \STATE appel de set\_all\_extr(s, step, ssh, corner)
+    \STATE entrer(corner\_whole, step, ssh, u, v)
+    \STATE appel de set\_all\_extr(s, step, ssh, corner\_whole)
     \FOR{e dans s\%list par ordre d'orientation et de SSH de l'extremum}
     \STATE llc, urc = bbox à $\pm$ max\_radius, dans l'espace des indices
     \STATE outside\_points = coordonnées des extremums dans llc, urc à éviter
@@ -1815,10 +1815,10 @@ faire la rotation. On n'a pas besoin d'avoir les vitesses sur la
 grille $\rho$.
 
 La position en longitude et latitude intervient dans le programme
-\verb+inst_eddies+ essentiellement à travers les variables corner,
-step et \verb+min_area+. Idée de faire tout le traitement dans
-l'espace des indices mais la latitude et la longitude interviennent
-dans le calcul de la surface des contours (appels à
+\verb+inst_eddies+ essentiellement à travers les variables
+\verb+corner_whole+, step et \verb+min_area+. Idée de faire tout le
+traitement dans l'espace des indices mais la latitude et la longitude
+interviennent dans le calcul de la surface des contours (appels à
 \verb+spher_polyline_area+ dans \verb+get_1_outerm+ et
 \verb+set_max_speed+) et dans le calcul de la vitesse moyenne
 (procédure \verb+mean_speed+).
@@ -1836,15 +1836,19 @@ $(\lambda, \phi) \mapsto (i, j) \in \mathbb{R}^2$.
 \verb+eddy_graph+ utilise \verb+extr%coord_proj+ et \verb+extr_map+ et
 ne peut pas les reconstruire facilement à partir de la longitude et de
 la latitude des extremums pour une grille non longitude --
-latitude. Idée : écrire un shapefile contenant \verb+extr%coord_proj+
+latitude. Idée : quand la grille est cartésienne uniforme en
+longitude, latitude, \verb+eddy_graph+ lit nlon, nlat, periodic,
+\verb+corner_whole+, step et reconstitue \verb+extr%coord_proj+ à
+partir de \verb+extr%coord+ ; quand la grille n'est pas cartésienne
+uniforme en longitude, latitude, écrire pour \verb+eddy_graph+ nlon,
+nlat, periodic et un shapefile contenant \verb+extr%coord_proj+
 (beaucoup moins de place que \verb+extr_map+).
 
 Définir grid : $\lambda_1$, $\phi_1$, $\Delta \lambda$, $\Delta \phi$,
 $n_\lambda$, $n_\phi$ pour une grille cartésienne uniforme en
 longitude, latitude, ou $\lambda$, $\phi$ tableaux de taille
 $(n_\lambda, n_\phi)$. Dans \verb+input_ssh+, entrer plus généralement
-grid à la place de $\lambda_1$, $\phi_1$, $\Delta \lambda$, $\Delta \phi$,
-$n_\lambda$, $n_\phi$. Définir une fonction \verb+invert_proj+ qui
-fait passer des coordonnées $x$, $y$ à $\lambda$, $\phi$.
+grid à la place de $\lambda_1$, $\phi_1$, $\Delta \lambda$,
+$\Delta \phi$, $n_\lambda$, $n_\phi$.
 
 \end{document}

Inst_eddies/inst_eddies.py.in

@@ -2,7 +2,9 @@
 
 """This script creates the directory {SHPC_dir}/Slice_{my_slice},
 containing a time slice of instantaneous eddies. If
-{SHPC_dir}/Slice_{my_slice} already exists then it is replaced.
+{SHPC_dir}/Slice_{my_slice} already exists then it is replaced. The
+script assumes that each input NetCDF file contains ssh, u and v and
+reads the first date only of each input NetCDF file.
 
 """
 
@@ -170,7 +172,7 @@ if __name__ == "__main__":
     argparser.add_argument(
         "file",
         nargs="+",
-        help="NetCDF file containing SSH and velocity " "at a single date",
+        help="NetCDF file containing SSH and velocity at a single date",
     )
     argparser.add_argument(
         "-b",