Snakefile

import os
import subprocess

# Lire le répertoire d'entrée depuis les arguments de configuration
#input_directory = config["folder"]
input_directory = os.getcwd() + "/../DataMacro/output/run_247"
origin = [] 
# Iterate over files in input_directory
for filename in os.listdir(input_directory):
  f = os.path.join(input_directory, filename)
  if f.endswith(".root"):
    origin.append(filename)

# Définir le répertoire de sortie pour les fichiers convertis
phy_directory = os.getcwd() + "/../DataMacro/output/analysis/run_247"
#phy_directory = "./"

# define target files directory
analysedfile = []
for inputfile in origin:
  #analysedfile.append("/home/morfouacep/Physics/NPTool/nptool/Projects/ana_e850/root/analysis/"+inputfile.replace("_raw_","_"))
  analysedfile.append( os.getcwd() + "/../DataMacro/output/analysis/run_247/"+inputfile)

## batch rules
rule all:
  input:
    expand("{file}",file=analysedfile)

# Règle pour convertir les fichiers raw en analysé
rule npanalysis:
    input:
       f"{input_directory}/{{name}}.root"
    output:
        f"{phy_directory}/{{name}}.root"
    shell:
        "npanalysis -T {input} RawTree -C Calibration.txt -D pista_e850_2024_alex.detector -O {output}"